Információ

16.6: Tanulmányi útmutató: Az evolúció mechanizmusai - biológia


Tanulmányi kérdések

Cél: Hasonlítsa össze és állítsa szembe az evolúciós változások számos mechanizmusát.

Ezen az oldalon ellenőrizheti a tartalom megértését.

Szójegyzék

  1. Evolúció.
  2. Természetes kiválasztódás
  3. Mutáció
  4. Génáramlás
  5. Genetikai sodródás
  6. Szexuális szelekció

Tanulmányi útmutató kérdések

  1. Legyen képes azonosítani, összehasonlítani, szembeállítani és megvitatni a mikroevolúció különféle mechanizmusait, beleértve:
    1. Mutáció
    2. Génáramlás
    3. Genetikai sodródás
    4. Szexuális szelekció
    5. Természetes kiválasztódás
  1. Milyen megfigyelések vezettek Darwin következtetéseihez a természetes kiválasztódással kapcsolatban?
  2. Hasonlítsa össze és hasonlítsa össze a szexuális kiválasztást és a természetes szelekciót.
  3. Mi a különbség a mikroevolúció és a makroevolúció között? Kérjük, ne csak jegyezze meg a definíciókat… képes alkalmazni a definícióit különböző forgatókönyvekre! A jó gyakorlat érdekében gondoljon mindegyikre példát!
  4. Világosan magyarázza el, HOGYAN fordul elő a specifikáció…
  5. Világosan írja le a reproduktív izoláció alábbi formáinak mindegyikét. Legyen képes összehasonlítani és szembeállítani az egyes formákat.
    1. Földrajzi
    2. Ökológiai
    3. Időbeli
    4. Viselkedési
    5. Mechanikai
    6. Gametikus izoláció
    7. Hibrid láthatatlanság
  1. Bármilyen forgatókönyv esetén képes legyen meghatározni a reproduktív izoláció TÍPUSÁT. Alkoss forgatókönyveket és gyakorolj!
  2. Magyarázza el a reproduktív izoláció, a speciáció és a mikroevolúció közötti kapcsolatot!

A sokféleség formát ölt: A bakteriális morfológia mechanikai és adaptív alapjainak megértése

A metagenomika modern korszaka példátlan mennyiségű adatot szolgáltatott a bakteriális közösségek genetikai és anyagcsere -sokszínűségéről, de nem tudott információt adni az egybeeső sejtmorfológiákról. Az anyagcsere és a bioszintetikus képességekhez hasonlóan a morfológia a baktériumok alkalmasságának kritikus összetevőjét tartalmazza, amelyet a természetes kiválasztás a bakteriális tartományban megfigyelt számos bonyolult formává formál. Ebben az esszében a bakteriális morfológia sokféleségét és a morfogenezis mechanikai és adaptív alapjainak megértésére gyakorolt ​​hatásait tárgyaljuk. Megfontoljuk, hogyan lehetne a legjobban kihasználni a genomikai adatokat és a legújabb kísérleti fejlesztéseket, hogy jobban megértsük a baktériumok alakját és funkcionális fontosságát.

Idézet: Kysela DT, Randich AM, Caccamo PD, Brun YV (2016) A sokféleség formát ölt: A bakteriális morfológia mechanikai és adaptív alapjainak megértése. PLoS Biol 14(10): e1002565. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002565

Közzétett: 2016. október 3

Szerzői jog: © 2016 Kysela et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk, amelyet a Creative Commons Hozzárendelési Licenc feltételei alapján terjesztenek, és amely lehetővé teszi a korlátlan használatot, terjesztést és reprodukciót bármilyen hordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és forrás fel van tüntetve.

Finanszírozás: Az ebben a kiadványban közölt kutatásokat az Országos Egészségügyi Intézetek Országos Általános Orvostudományi Intézete támogatta az R01GM51986-os kitüntetéssel az YVB-nek, és a Nemzeti Kutatási Szolgálat F32GM112362-es díjával az AMR-nek. A tartalom kizárólag a szerzők felelőssége, és nem feltétlenül képviseli a Nemzeti Egészségügyi Intézetek hivatalos nézeteit. A finanszírozóknak nem volt szerepük a tanulmánytervezésben, az adatgyűjtésben és elemzésben, a közzétételi döntésben vagy a kézirat elkészítésében.

Versenyző érdekek: A szerzők kijelentették, hogy nem léteznek egymással versengő érdekek.

Rövidítések: FDAA, fluoreszcens D-aminosav PG, peptidoglikán


Összegzés

Az epiteliális petefészekrák általában előrehaladott stádiumban jelentkezik, és a nőgyógyászati ​​rákos megbetegedések leggyakoribb oka. A kezelés szakértői multidiszciplináris ellátást igényel. A populációalapú szűrés hatástalan volt, de a korai diagnózis és a megelőzés új módszerei fejlesztés alatt állnak. A kezdeti terápia magában foglalja a műtétet és az adjuváns terápiát. Az epiteliális petefészekrák különálló szövettani altípusokból áll, amelyek egyedi genomiális jellemzőkkel rendelkeznek, amelyek javítják a terápia pontosságát és hatékonyságát, lehetővé téve a válasz előrejelzőinek felfedezését, például a mellrákra való hajlam gének mutációit. BRCA1 és BRCA2és homológ rekombinációs hiány DNS -károsodási válaszút inhibitorok vagy rezisztencia esetén (ciklin E1). A gyorsan fejlődő technikák a daganatok és a vér genomiális változásainak mérésére lehetővé teszik az érzékenység értékelését és a terápiával szembeni rezisztencia kialakulását, és a fennmaradó betegség pontos mutatói lehetnek. Az ismétlődés általában gyógyíthatatlan, és a beteg tüneteinek ellenőrzése és az életminőség kulcsfontosságú szempont ebben a szakaszban. A kiújulási kezeléseket a beteg szemszögéből kell megtervezni, és értelmes előnyöket kell tartalmazniuk. Sürgős előrelépésre van szükség az egyes alcsoportokra vonatkozó bizonyítékokon és konszenzuson alapuló kezelési irányelvek kidolgozásához, és szoros nemzetközi együttműködésre van szükség a klinikai vizsgálatok lefolytatásában olyan tudományos kutatócsoportokon keresztül, mint a Gynecologic Cancer Intergroup.


A szintetikus biológia egy tervezésvezérelt tudományág, amelynek középpontjában új biológiai funkciók tervezése áll, a molekuláris részek felfedezése, jellemzése és újrafelhasználása révén. A kritikus orvosbiológiai problémák számos szintetikus biológiai megoldása széles körben elterjedt, és a terület virágzó érését mutatja. Itt kiemeljük a szintetikus biológia alkalmazását a vakcinafejlesztésben, a molekuláris diagnosztikában és a sejt alapú terápiában, hangsúlyozva a klinikai használatra vagy az aktív klinikai vizsgálatokban engedélyezett technológiákat. Végezetül felhívjuk a figyelmet a szintetikus biológia legújabb innovációira, amelyek valószínűleg jelentős hatást gyakorolnak a biomedicina jövőbeni alkalmazásaira.

Ezek a szerzők egyenlő mértékben járultak hozzá


Chang és Malik kiemel egy új tanulmányt (1009418. oldal), amely aktív koevolúciós fegyverkezési versenyt mutat be a meiotikus gépezet DNS- és fehérjekomponensei között. Mimulus, következményekkel jár az egyéni alkalmasságra és molekuláris divergenciára.

Képhitel: Finseth et al., Pgen.1009418

Új PLOS folyóiratok, amelyek beérkeznek

Öt új folyóirat egységesen foglalkozik a globális egészségügyi és környezeti kihívások kezelésével, és most készen áll a beadványok fogadására: PLOS Climate, PLOS Sustainability and Transformation, PLOS Water, PLOS Digital Health és PLOS Global Public Health

COVID-19 gyűjtemény

A COVID-19 gyűjtemény kiemeli a webhelyen közzétett összes tartalmat PLOS folyóiratok a COVID-19 világjárványról 2019-21.

Küldje be laboratóriumi és vizsgálati protokolljait PLOS ONE!

PLOS ONE most elfogadja a Lab Protocols, a protocols.io-val együttműködésben lektorált cikk és a Study Protocols cikkeket, amelyek beszámolnak az eredmények létrehozása és közzététele előtt végzett munkáról.

PLOS Reviewer Center

Ingyenes képzés és erőforrások gyűjteménye a PLOS folyóiratok – és tágabb értelemben a szakértői értékelések közössége számára – kutatásokból, valamint a munkatársak szerkesztőivel, szerkesztőbizottsági tagjaival és tapasztalt lektoraival készült interjúkból merítettek.

Tíz egyszerű szabály

PLOS Számítási BiológiaA „Tíz egyszerű szabály” cikkei gyors, koncentrált útmutatókat nyújtanak a kutatók pályafutása során tapasztalt szakmai kihívások elsajátításához.

A Nemzeti Tudományos Akadémia új tagokat választ

Gratulálok hozzá PLOS Genetics Társszerkesztők Denise Montell, Anita Hopper, Joe Heitman és Marisa Bartolomei a Nemzeti Akadémia tagjaivá választása miatt!

Az Amerikai Művészeti és Tudományos Akadémia új tagokat választ

Gratulálok hozzá PLOS Genetics Szue szerkesztők, Sue Jinks-Robertson és Sarah A. Tishkoff, mert megválasztották az Amerikai Akadémia tagjainak a biológiai tudományok területén!

Human Genetic Admixture Collection

PLOS Genetics új kollekciót jelent be a Human Genetic Admixture témakörben, amelyet Korunes és Goldberg áttekintése vezet be, amely a terület közelmúltbeli fejlődését és jövőbeli irányait tárgyalja.

Wendy Bickmore kinevezte a CBE -t

Gratulálunk az epigenetikai szekció szerkesztőjének, Wendy Bickmore-nak, hogy kinevezték a CBE-nek az orvosbiológiai tudományok és a tudományban dolgozó nők érdekében végzett szolgálatai elismeréseként!


Anyagok és metódusok

Hernyók.

Mindkét kísérlet során a korai tövislepke laboratóriumi nevelésű, negyedik lárváját használtuk. Selenia dentaria. Ez a faj egy hüvelykes féreg (Geometridae család), amely sokféle lombhullató széleslevelű cserjéken és fákon polifág, és jótékony hatású (7) nem veri vissza a fényt az UV-spektrumban, és nincs ismert színpolimorfizmusa (lásd SI anyagok és módszerek és S1 ábra további részletekért).

Predációs kísérlet.

Az élet 2. napján 32 fiókát, akik akklimatizálódtak a kísérleti színtérre (lásd SI anyagok és módszerek) két 16 fős csoportra osztották. Minden csoport egyedei két kísérletet kaptak, amelyek mindegyikében egy hernyót találhattak és fogyaszthattak egy ágból, amely kilenc gallyat is tartalmazott. Az ágat az egyik csoportnál manipulálták, a másiknál ​​nem. A manipulált ágakat lila pamutszállal kötötték, hogy megváltoztassák vizuális megjelenésüket anélkül, hogy befolyásolnák fizikai szerkezetüket vagy szagukat (7). E kísérletek célja az volt, hogy a fiókákat megtanítsák az ágakon lévő hernyók takarmányozására.

A 3. napon minden csoport két részre oszlott, így összesen négy csoportot kapott. A csibék minden csoportban 10 alkalommal tapasztaltak egy nem manipulált vagy manipulált ágat (korábbi tapasztalataiknak megfelelően) az arénában. Minden előadás 90 másodpercig tartott, és az előadások között 90 másodperc volt. A bemutatók háromféle lehet: egy ág, amely 9 gallyat és egy hernyót tartalmaz, egy ág, amely 10 gallyat tartalmaz, és nincs hernyó, vagy egy null bemutató, ahol semmi sem volt az arénában. Minden csoport négy alkalommal tapasztalt egy kilenc ágat és egy hernyót tartalmazó ág bemutatását. Két csoport (egy manipulált ágakkal és egy anélkül) magas expozíciót tapasztalt a 10 gallyat és hernyót nem tartalmazó nem jutalmazó ágakkal szemben (öt bemutató), plusz egy nulla prezentáció, a másik két csoport alacsony expozíciót tapasztalt a 10 gallyat nem tartalmazó, nem hasznos ágakkal szemben. hernyó (egy prezentáció) és öt null prezentáció. A 10 prezentáció sorrendjét egyénenként randomizálták. Ezt a bemutatási módszert azért választották, mert lehetővé tette a gallyak számának manipulálását anélkül, hogy megváltozott volna akár a bemutatott hernyók száma, akár a vizuális feladat összetettsége (a csibéknek mindig egy hernyót kellett találniuk kilenc gally között).

A 3. nap végén a csibéknek egyetlen tesztet adtunk. Ez egy manipulált vagy nem manipulált (minden csaj korábbi tapasztalataival összhangban) ágból állt, amely kilenc gallyat és egy hernyót tartalmazott. Feljegyezték a hernyó megtámadásának késleltetését. Az egyik esetben a vizsgálatot 10 perc elteltével leállítottuk, mert a csaj nem mutatott érdeklődést az ág iránt, ennek a csajnak 601 s késleltetést ítéltek meg az elemzésben.

A 4. napon az alacsony expozíciónak kitett csoportokból származó fiókák két próbát kaptak annak felderítésére, hogy az ágon lévő gallyak száma befolyásolja-e a hernyó megtalálásának idejét (vagyis, hogy bonyolultabb környezetben nehezebb-e megtalálni a hernyókat) . Az egyik kísérletben a csajnak 5 gallyal és egy hernyóval kínáltak ágat, a másikban 15 gallyat és egy hernyót. A kísérletek sorrendjét ellensúlyozták a csoportokon belül. A kísérletek 90 másodpercre voltak egymástól.

Caterpillar Choice kísérlet.

A kísérleteket abban a laboratóriumban végezték, amelyben hernyókat helyeztek el (lásd SI anyagok és módszerek A nappali méréseket 10.00 és 14.00 óra között végezték (csak napfény által megvilágítva), éjszaka pedig 22.00 és 2.00 óra között (megvilágítva csak holdfény és csillagfény). A hernyókat választókamrákba helyeztük, 33 × 18 × 18 cm átlátszó műanyag tartályba, ragasztófólia fedéllel, külön-külön ecset segítségével. Fehér papír borította a tartály padlóját, és minden próba során cserélték. Egy ceruzajelzés jelezte a kamra közepét, és ennek a vonalnak mindkét oldalán egyetlen ágat helyeztek el, 5 cm-re a legközelebbi pont vonalától. A hernyókat a ceruzavonalra helyezték egyik ág felé sem. 30 percig állni hagyták őket, majd rögzítették azt az ágat, amelyen a hernyó található: öt hernyó nem helyezkedett el egy ágon, ezért eltávolították őket az elemzésből. A két ág közötti elsődleges különbség a gallyak számában volt. Mindegyik ág 25 cm hosszú volt, az egyik négy ággal (alacsony gallyszám), a másik pedig nyolc gallyal (magas gallyszám). A gallyak mindkét ágon ~ 3,5 cm hosszúak és 3 mm átmérőjűek voltak. Az ágakon lévő gallyak számát semmilyen módon nem manipulálták, ezért természetes változást jelentett. A kísérleti csoportok különböztek abban, hogy az ágak közül melyik rendelkezik levelekkel, éhségszintjük és a vélt ragadozási kockázat: részleteket lásd az 1. táblázatban. Szükség esetén az élelmiszerhiányt úgy sikerült elérni, hogy 24 órával a kísérlet megkezdése előtt eltávolították a leveleket a hernyó gazdanövényéről. A ragadozást úgy szimulálták, hogy közvetlenül a kísérleti kamrába való áthelyezés előtt háromszor finoman összenyomták a hernyókat csipesszel (e hernyó láthatóan nem sérült meg ezzel a folyamattal). Mindegyik választást 30 ismétlődő hernyó segítségével vizsgáltuk.


Integratív biológia 200B Olvasmányok

= kötelező a 2011 -es tanfolyamon, egyéb speciális ajánlások, amelyek a tanfolyam közvetlen relevanciájával vannak megjelölve, alapvetőek a területen ("amit mindenkinek el kellett volna olvasnia") stb.

Bock, W. J. (1973) A klasszikus evolúciós osztályozás filozófiai alapjai Szisztematikus állattan 22: 375-392 A & quot; Kortárs szisztematikus filozófiák & quot

Brower, A. V. Z. (2000) Az evolúció nem szükséges A Cladistics feltételezése Cladistics 16: 143-154

Cleland, C. L. (2001) Történettudomány, kísérleti tudomány és a tudományos módszer. Geology 29: 987-990

Dayrat, Benoit (2005) Az ős-leszármazott kapcsolatok és az Életfa Paleobiológia rekonstrukciója 31: 347-353

Donoghue, M. J. és J. W. Kadereit (1992) Walter Zimmermann és a filogenetikai elmélet növekedése Systematic Biology 41: 74-84

Faith, D. P. és J. W. H. Trueman (2001) A filogenetikai következtetés befogadó filozófiája felé Szisztematikus biológia 50: 331-350

Gaffney, E. S. (1979) Bevezetés a filogenézia rekonstrukciójának logikájába, 79-111. Oldal, Cracraft, J. és N. Eldredge (szerk.) Phylogenetic Analysis and Paleontology Columbia University Press, New York.

Gilmour, J. S. L. (1940) Taxonómia és filozófia, 461-474. Oldal, J. Huxley (szerk.) The New Systematics Oxford

Hull, D. L. (1974) A biológiai tudományok filozófiája. Prentice-Hall, Englewood Cliffs, NJ.

Hull, D. L. (1978) Egyéniség kérdése Phil. of Science 45: 335-360

Hull, D. L. (1978) A biológiai osztályozás alapelvei: a filozófia használata és visszaélése

Hull, D. L. (1984) Kladisztikus elmélet: elmosódó és növekvő hipotézisek, 5-23. O., T. Duncan és T. F. Stuessy (szerk.) Cladistics: Perspectives on the Reconstruction of Evolutionary History Columbia University Press, New York

* Hull, D. L. (1988) A tudomány mint folyamat: evolúciós beszámoló a tudomány társadalmi és fogalmi fejlődéséről University of Chicago Press. Egy már klasszikus mű a rendszeres adatok közelmúltbeli, erőszakos történetéről Hajótestáltalános elméletei a tudományos változásokról.

Hull, D. L. (1999) Sir Karl Popper használata és visszaélése. Biológia és filozófia 14: 481-504

Kitts, D. B. (1977) Karl Popper, ellenőrizhetőség és szisztematikus állattan. Systematic Zoology 26: 185-194

Kluge, A. G. (1999) The Science of Phylogenetic Systematics: Explaation, Prediction and Test Cladistics 15: 429-436

Kluge, A. J. (2001) Filozófiai sejtések és cáfolataik Szisztematikus biológia 50: 322-330

Kuhn, T. S. (1970) A tudományos forradalmak szerkezete, második kiadás. University of Chicago Press. Kötelező olvasmány minden tudós számára.

Mayr, E. (1982) The Growth of Biological Thought. Harvard University Press, Cambridge, Mass.

Laudan, L. (1977) Haladás és problémái. University of California Press, Berkley.

Losee, J. (1980) Történelmi bevezetés a tudományfilozófiába. Második kiadás. Oxford University Press. A legjobb egykötetes beszámoló a tudomány fejlődésének változásairól Arisztotelész óta – erősen ajánlott.

McKelvey, B. (1982) Szervezeti szisztematika, Univ. of California Press Berkeley

Mishler, B. D. (1989) Hull, D.L. cím nélküli áttekintése. (1988) A tudomány mint folyamat. Systematic Botany 14: 266-268

O'Hara, R. J. (1992) Mesél a fának: Narratív ábrázolás és az evolúciótörténet tanulmányozása Biológia és filozófia 7: 135-160

O'Keefe, F. R. és P. M. Sander (1999) Paleontológiai paradigmák és a filogenetikai mintára vonatkozó következtetések: esettanulmány. Paleobiology 25: 518-533

de Queiroz, K (1987) Szisztematika és a darwini forradalom. Tudományfilozófia 55: 238-259

de Queiroz, K. és S. Poe (2001) Filozófia és filogenetikai következtetés: a valószínűség és a parsimony módszerek összehasonlítása Karl Popper megerősítésről szóló írásainak összefüggésében. Systematic Biology 50: 305-321

Sober, E. (1988) A múlt rekonstruálása, 1. fejezet. MIT Press.

** Sober, E. (2008). Evidence and Evolution: a tudomány mögötti logika, Cambridge University Press. Különösen jó a statisztika filozófiájában (gyakoriság vs. valószínűség vs. Bayes -i megközelítés), valamint ezek viszonyában az (1) filogengiákra és (2) a természetes kiválasztódásra.

Stamos, D. N. (1996): Popper, falszifikálhatóság és evolúcióbiológia. Biology and Philosophy 11: 161-191

Stevens, P. F. (1994) A biológiai szisztematika fejlődése. Columbia University Press, New York.

Wiley, E. O. (1975) Karl R. Popper, szisztematika és osztályozás: válasz Walter Bocknak ​​és más evolúciós taxonómusoknak. Systematic Zoology 24: 233-243

Wiley, E. O. (1981) Phylogenetics: The Theory and Practice of Phylogenetic Systematics.

Winsor, Mary Pickard (1995). "Az angol vita a rendszertanról és a filogenizmusról." Az élettudományok története és filozófiája, 17(2), 227-252.

Ax, P. (1987) A filogenetikai rendszer. John Wiley, Chichester.

Dupuis, C. (1984) Willi Hennig? s hatása a taxonómiai gondolkodásra.Ökológia és szisztematika éves áttekintése 15: 1-24

* Farris J.S. (1983) A filogenetikai elemzés logikai alapja. 7-36. old. In N Platnick és V Funk (szerk.): Advances in Cladistics, 2. kötet. NY: Columbia Univ. nyomja meg

Forey, P. L., C. J. Humphries, I. L. Kitching, R. W. Scotland, D. J. Siebert és D. M. Williams. (1992) Cladistics. The Systematics Association Publication No.10, Oxford University Press, New York

Philippe Grandcolas, P., P. Deleporte, L. Desutter-Grandcolas és C. Daugeron (2001) Filogenetika és ökológia: A lehető legtöbb karaktert kell bevonni a kladisztikus elemzésbe. Cladistics 17: 104-110

** Hennig, W. (1965) Phylogenetic systematics. Rovartani Évi Szemle 10: 97-116

Hennig, W. (1966) Phylogenetic systematics. University of Illinois Press, Urbana.

Kitching, I. J., P. L. Forey, C. J. Humpheries és D. M. Williams. (1998) Cladistics: The Theory and Practice of Parsimony Analysis. Második kiadás. The Systematics Association Publication No. 11 Oxford University Press, Oxford.

Kluge, A.G. (1994) Mozgó célpontok és kagylójátékok. Cladistics 10: 403-413

Kluge, A. G. (2001) Parsimony tudományos indoklással és anélkül. Cladistics 17: 199-210

Lundberg, J. G. és L. A. McDade. (1990) Szisztematika. pp 65-108 in Methods for Fish Biology, American Fisheries Society.

Mishler, B. D. és E. De Luna. (1991) Ontogenetikai adatok felhasználása mohák filogenetikai elemzésében. A Bryology fejlődése 4: 121-167 Különösen a 129-143

Lindberg, D.R. (1992) Szisztematikus őslénytan. Pp. 31-37 In: J. H. Lipps, szerk. Fossil Prokaryotes and Protists, Blackwell Scientific Publications, Ltd., Oxford

Pol, D. és M. E. Siddall (2001): Biases in Maximum Likelihood and Parsimony: A Simulation Approach to a 10-Taxon Case. Cladistics 17: 266-281

de Queiroz, K. és J. Gauthier (1992): Filogenetikai taxonómia. Ökológia és szisztematika éves áttekintése 23: 449-480

Wilkinson M. (1994) Három -taxon állítások - amikor a parsimony elemzés is klikk elemzés. Cladistics 10: 221-223

Aboitiz, F. (1988) Homológia, összehasonlító vagy történelmi fogalom? Acta Biotheoretica 37: 27-29

Bang, R., R. DeSalle és W. Wheeler. (2000) Transformacionalizmus, taxizmus és fejlődésbiológia a szisztematikában. Systematic Biology 49: 19-28

Callazo, A. (2000) Fejlődési variációk, homológia és a Pharngula stádium. Systematic Biology 49: 3-18

Hall, B. K. (szerk.). (1994) Homológia: az összehasonlító biológia hierarchikus alapja. Academic Press, San Diego. 483 pp.

Haszprunar, G. (1992) A homológia típusai és jelentőségük az evolúcióbiológia és filogenetika szempontjából. Journal of Evolutionary Biology 5: 13-24

Lutzoni, L., P. Wagner, V. Reeb és S. Zoller (2000) A DNS -szekvenciák kétértelműen összehangolt régióinak integrálása a helyzeti homológia megsértése nélkül. Systematic Biology 49: 628-651

Patterson, C (1982) Morfológiai jellemek és homológia. 21-74. oldal, Josey, K.A. és Friday, A.E. (eds.) Problems of Phylogenetic Reconstruction. Academic Press.

Patterson, C (1988) Homológia a klasszikus és a molekuláris biológiában. Mol. Biol. Evolution 5: 603-625

Roth, V.L. (1984) A homológiáról Bioi. J. Linn. Soc. 22: 13-29

** Roth, V.L. (1988) A homológia biológiai alapja. In Ontogeny és Szisztematika. Humpries, C. J. (szerk.) Columbia University Press, NY.

Roth, V.L. (1991) Homológia és hierarchiák: Megoldott és megoldatlan problémák. Journal of Evolutionary Biology 4: 167-194

Skócia, R. W. (2000) Taxikus homológia és három taxon nyilatkozat elemzése. Systematic Biology 49: 480-500

Scotland, R. W. és M. A. Carine (2000) Osztályozás vagy Phylogenetic Estimates? Cladistics 16: 411-419

Stevens, P.F. (1984) Homológia és filogenézia: morfológia és szisztematika. Systematic Botany 9: 395-409 A növénytan homológiájáról szóló szimpózium része

Wagner, G. P. (1989) A biológiai homológia fogalma. Ann. Rev. Ecol. Syst. 20: 51-69

Wray, G. A. és C. J. Lowe. (2000) Fejlődési szabályozó gének és tüskésbőrű evolúció. Szisztematikus biológia. 49:28-51

Buschbeck, E. K. (2000) Neurobiológiai korlátok és légyszisztematika: hogyan járulhatnak hozzá a különböző típusú neurális karakterek a magasabb szintű dipterán filogenézishez. Evolution 54: 888-898

Chappill, J. A. (1989): Kvantitatív karakterek a filogenetikai elemzésben. Kladisztika 5: 217-234

Goldman, N. (1988) A morfológiai karakterek diszkrét kódolásának módszerei a numerikus elemzéshez. Kladisztika 4: 59-71

Hauser, D. L. és W. Presch. (1991) A rendezett karakterek hatása a filogenetikai rekonstrukcióra. Cladistics 7: 243-265

Hibbett, D. S. és M. J. Donoghue (2001) Karakterkorrelációk elemzése a fapusztulási mechanizmusok, párosítási rendszerek és szubsztrát-tartományok között Homobasidiomycetesben. Systematic Biology 51: 215-242

Jenner, R. A. (2001) Kétirányú filogenézis és a morfológiai adatsorok kritikátlan újrahasznosítása. Systematic Biology 50: 730-742

Le Quesne, W. J. (1969) A numerikus taxonómia karakterek kiválasztásának módja. Systematic Zoology 18: 201-205

Lee, D.-C. és H. N. Bryant. (1999) Az Alkalmatlan karakterek kódolásának újragondolása: feltételezések és problémák. Cladistics 15: 373-378

Lipscomb, D. L. (1992) Parsimony, homológia és többlépcsős karakterek elemzése. Kladisztika 8: 45-65

Mabee, P. M. (1989a) Az ongenetikai felhasználási szekvenciák mögött álló feltételezések a karakterállapot meghatározásához. Trans. Amer. Hal. Soc. 118: 159-166

** Mishler, B. D. (2005) Az adatmátrix logikája a filogenetikai elemzésben. A V.A. Albert (szerk.), Parsimony, Phylogeny, and Genomics, 57-70. Oxford University Press.

** Mishler, B. D. és E. De Luna. (1991) Ontogenetikai adatok felhasználása mohák filogenetikai elemzésében. Advances in Bryology 4: 121-167

* Neff, N.A. (1986) Racionális alap a priori karakterek súlyozásához. Systematic Zoology 35: 102-109

Monteiro, L. R. (2000) Miért különleges a morfometria: a részleges vetemítések filogenetikai analízisben való karakterként való használatának problémája. Systematic Biology 49: 796-800

O'Keffe, F. R. és P. J. Wagner. (2001) A kladisztikus karakterfüggetlenség hipotéziseinek következtetése és tesztelése karakterkompatibilitás segítségével. Systematic Biology 50: 657-675

Pimentel, R.A. és Riggins, R. (1987) A kladisztikus adatok természete. Cladistics 3: 201-209

Pogue, M. G. és M. F. Mickevich. (1990) Karakterdefiníciók és karakterállapot -lehatárolás: a filogenetikai következtetés b? Te noire. Cladistics 6: 319-361

Rae, T. C. (1998) A folyamatos karakterek használatának logikai alapja a filogenetikai rendszertanban.? Kladisztika 14: 221-228

Schander, C. és P. Sundberg. (2001) Hasznos karakterek a haslábúak filogénjében: puha információ vagy kemény tények? Systematic Biology 50: 136-141

Simmons, M. P. és H. Ochoterena. (2000) Hiányosságok, mint karakterek a szekvencia-alapú filogenetikai elemzésben. Systematic Biology 49: 369-381

Simmons, M. P., H. Ochoterena és T. G. Carr. (2001) A réskarakterek beépítése, relatív homoplázia és hatása a szekvenciaalapú filogenetikai elemzésben. Systematic Biology 50: 454-461

Simmons, N. P. (2001) Félrevezető eredmények a kétértelmű kódolás használatából a polimorfizmusok pontozására magasabb szintű taxonokban. Systematic Biology 50: 613-620

Slowinski, J. B. (1993) Rendetlen versus & rendezett & quot. Systematic Biology 42: 155-165

Smith, E. N. és R. L. Gutberlet ifj. (2001) Általános frekvenciakódolás: módszer polimorf többlépcsős karakterek előállítására filogenetikai elemzéshez. Systematic Biology 51: 156-169

* Stevens, P.F. (1991) Karakterállapotok, morfológiai variációk és filogenetikai elemzés: áttekintés. Systematic Botany 16: 553-583

Strong, E. E. és D. Lipscomb. (1999) Karakterkódolás és nem alkalmazható adatok. Cladistics 15: 363-371

Wagner, P. J. (2000) A fosszilis taxonok morfológiai karakterállapotainak kimerülése. Evolution 54: 365-386

Wagner, G. P. (szerk.). (2001) A karakter fogalma az evolúciós biológiában. Academic Press, San Diego.

Wagner, P. J. (2000) A fosszilis taxonok morfológiai karakterállapotainak kimerülése. Evolution 54: 365-386

Wiens, J. J. (1995) Polimorf karakterek a filogenetikai szisztematikában. Systematic Biology 44: 482-500

Wiens, J. J. (2001) Karakter elemzés a morfológiai filogenetikában: problémák és megoldások. Systematic Biology 50: 689-699

Wilkinson, M. (1992) Rendezett versus rendezetlen karakterek. Cladistics 8: 375-385

* V.A. Albert, B.D. Mishler és M. W. Chase (1992) A restrikciós hely adatainak karakterállapot-súlyozása a filogenetikai rekonstrukcióban, egy példával a kloroplasztisz DNS-ből. P. Soltis, D. Soltis és J. Doyle (szerk.), Molecular Systematics of Plants, 369-403. Chapman és Hall.

V.A. Albert és B.D. Mishler (1992) A nukleotidszekvencia -adatok súlyozásának indoklásáról és hasznosságáról. Kladisztika 8: 73-83

** V.A. Albert, M. W. Chase és B.D. Mishler (1993): Karakter-állapot súlyozás fehérjét kódoló DNS-szekvenciák kladisztikus elemzéséhez. Annals Missouri Botanikus Kert 80: 752-766

Broughton, R. E., S. E. Stanley és R. T. Durrett. (2000) A homoplazia számszerűsítése a nukleotidátmenetek és transzverziók számára, valamint a feltételezések újbóli vizsgálata súlyozott filogenetikai elemzésben. Systematic Biology 49: 617-627

Carpenter J. M. (1994): Egymást követő súlyozás, megbízhatóság és bizonyíték. Kladisztika 10: 215-220

Farris, J. S. (1969) Egy egymást követő közelítési megközelítés a karaktersúlyozáshoz. Systematic Zoology 18: 374-385

Freudenstein, J. V., Pickett, K. M., Simmons, M. P. és Wenzel, J. W. (2003) Az alappároktól a madárdalokig: Filogenetikai adatok a genomika korában. Cladistics 19: 333-347

Goloboff, P. A. (1993) A karakterek súlyának becslése a fák keresése során. Kladisztika 9: 83-91

Taran Grant, Arnold G. Kluge (2004) Transzformációs sorozat mint ideográfiai karakterkoncepció. Kladisztika 20: 23? 31

Kirchoff, B. K. Richter, S. J. Remington, D. L., et al. (2004) Az összetett adatok jobb karaktereket hoznak létre. Szisztematikus biológia 53: 1-17

Liebherr, J. K. és Zimmerman, E. C. (1998) A hawaii platinin (Coleoptera: Carabidae) kladisztikus elemzése, filogenetikája és biogeográfiája. Systematic Entomology 23: 137-172

Maddison, W. P. (1993): Hiányzó adatok versus hiányzó karakterek a filogenetikai elemzésben. Systematic Biology 42: 576-581

Nixon K. C. és Davis J. I. (1991) Polimorf taxonok, hiányzó értékek és kladisztikus elemzés. Bemutatta: Az Amerikai Botanikus Társaság éves találkozója az Amerikai Biológiai Tudományok Intézetével, San Antonio, Texas, USA, augusztus 4-8. American Journal of Botany 78: 206

Wheeler, Q.D. () Karakterek súlyozása és kladisztikus elemzése. Systematic Zoology 35: 110-123

Whitehead D. R. és Ball G. E. (1975) A közép-amerikai nemzetség osztályozása (Cyrtolaus: Coleoptera: Carabidae pterostichini). Quaestiones Entomologicae 11: 591-619

Wilkinson, M. (1994) Súlyok és rangok a numerikus filogenetikában. Cladistics 10: 321-329

Yeates, D. K. (1995) Groundplans and exemplars: Paths to the tree of life. Cladistics 11: 343-357

Albert, V. A. és B. D. Mishler. (1992) A nukleotidszekvencia adatok súlyozásának ésszerűségéről és hasznosságáról. Cladistics 8: 73-83

Albert, V. A., B. D. Mishler és M. W. Chase. (1992) Karakterállapot-súlyozás a restrikciós hely adatainak filogenetikai rekonstrukciójában, egy példával a kloroplasztisz DNS-ből. 369-403. Oldal: Molecular Systematics of Plants (Soltis, P. S., D. E. Soltis és J. J. Doyle, szerk.). Chapman & Hall, New York.

Avise, J. C., J. Arnold, R. M. Ball, E. Bermingham, T. Lamb, J. E. Neigel, C. A. Reeb és N. C. Saunders. (1987) Fajon belüli filogenetika: a mitokondriális DNS -híd a populációgenetika és a szisztematika között. Ökológia és szisztematika éves áttekintése 18: 489-522

Avise, J. C. (1989) Génfák és szervezettörténetek: a populációbiológia filogenetikai megközelítése. Evolution 43: 1192-1208

Baker, R. H., G. S. Wilkinson, R. DeSalle. (2001) A különböző típusú molekuláris adatok filogenetikai hasznossága a szárszemű legyek (Diopsidae) közötti evolúciós kapcsolatokra következtet. Systematic Biology 50: 87-105

Bledsoe, A. H. és R. J. Raikow. (1990) A filogenetika molekuláris és nem molekuláris becslései közötti kongruenciának kvantitatív értékelése. J. Mol. Evolution 30: 247-259

Bremer, K. (1988) Az aminosavszekvencia adatok határai a zárvatermő filogenetikai rekonstrukcióban. Evolution 42: 795-803

Broughton, R. E., S. E. Stanley és R. T. Durrett. (2000) A homoplazia számszerűsítése a nukleotidátmenetek és transzverziók számára, valamint a feltételezések újbóli vizsgálata súlyozott filogenetikai elemzések során. Systematic Biology 49: 617-627

Bruns, T. D., T. J. White és J. W. Taylor. (1991) Gombamolekuláris szisztematika. Annu. Rev. Ecol. Syst. 22, 525-564

Collins, Timothy M. Fedrigo, Olivier Naylor, Gavin J. P. (2005) Choosing the best genes for the job: The case for stationary genes in genome-scale phylogenetics. Systematic Biology 54: 493-500

* Cracraft, J. (1987) DNS hibridizáció és madárfilogenetika. Evolúciós Biológia 21: 47-96

Creer S, Malhotra A, Thorpe RS, et al. (2005) Optimális intronok megcélzása filogenetikai elemzésekhez nem modell taxonokban: kísérleti eredmények ázsiai pitviperekben. Cladistics 21: 390-395

DeBry, R. W. (1999) A gélalapú és szerkezetalapú folyamatpartíciók maximális valószínűségi elemzése, emlős mitokondriális genomok felhasználásával. Systematic Biology 48: 286-299

DeSalle, R. és D. A. Grimaldi. (1991) A Drosophilidae morfológiai és molekuláris rendszerezése. Annual Review of Ecology and Systematics 22: 447-475

** Donoghue, M. J. és M. J. Sanderson. (1992) A molekuláris és morfológiai bizonyítékok alkalmassága a növényi filogenetika rekonstruálásában. 340-368. Oldal: Molecular Systematics of Plants (Soltis, P. S., D. E. Soltis és J. J. Doyle, szerk.). Chapman & Hall, New York.

Doyle, J. J. (1992) Génfák és fajfák: molekuláris szisztematika, mint egy karakterű rendszertan. Systematic Botany 17: 144-163

Fleissner, Roland Metzler, Dirk Von Haeseler, Arndt. (2005) Egyidejű statisztikai többszörös igazítás és filogenetikai rekonstrukció. Systematic Biology 54: 548-561

Giribet G. (2005) Implikált igazítások generálása közvetlen optimalizálással POY segítségével. Cladistics 21: 396-402

Givnish, T. J. és K. J. Sytsma (1997). Homoplazia a molekuláris és morfológiai adatok között: a helyes filogenetikai következtetés valószínűsége. Molecular (1997) Evolution and Adaptive Radiation. (T. J. Givnish és K. J. Sytsma, szerk.). Cambridge, Cambridge University Press: 55-101

Hillis, D. M. (1987) Molecular versus morphological approaches to systematics. Ökológiai és Rendszertani Szemle 18: 23-42

Hillis, D. M., J. J. Bull, M. E. White, M. R. Badgett és I. J. Molineux. (1992) Kísérleti filogenetika: ismert filogenetika létrehozása. Science 255: 589-592

Hillis, D.M. (1995) A filogenetikai pontosság értékelésének módszerei. Systematic Biology 44: 39523

Hillis, D. M., C. Moritz és B. K. Mable (szerk.). (1996) Molecular Systematics, második kiadás. Sinauer, Sunderland, MA. 655 pp.

Hillis, D. M. és J. J. Wiens. (2000) Molekulák versus morfológia a szisztematikában: konfliktusok, műtermékek és tévhitek. 1-19. oldal: J. J. Wiens (szerk.), Phylogenetic Analysis of Morphological Data. Washington DC, Smithsonian Institution Press.

Huelsenbeck, J. P. és R. Nielsen. (1999) A nem független helyettesítés hatása a filogenetikai pontosságra. Systematic Biology 49: 317-328

Laamanen TR, Meier R, Miller MA, et al. (2005) A Themira (SepsidaeDiptera) filogenetikai elemzése: érzékenységi elemzés, igazítás és indel kezelés egy többgénes vizsgálatban. Cladistics 21: 258-271

Lutzoni, F., P. Wagner, V. Reeb és S. Zoller. (2000) A DNS -szekvenciák kétértelműen illeszkedő régióinak integrálása filogenetikai elemzésekbe a helyzeti homológia megsértése nélkül. Systematic Biology 49: 628-651

Macey, J. R., J. A. Schulte II és A. Larson. (2000) Akrodont gyíkokkal illusztrált mitokondriális genom szerkezeti jellemzők evolúciója és filogenetikai információtartalma. Systematic Biology 49: 257-277

Mindell, D. P. és R. L. Honeycutt. (1990) Riboszómális RNS gerincesekben: evolúció és filogenetikai alkalmazások. Ökológia és szisztematika éves áttekintése 21: 541-566

** Mishler, B. D. (1994) A molekuláris és morfológiai adatok kladisztikus elemzése. American Journal of Physical Anthropology 94: 143-156

Mishler, B. D., K. Bremer, C. J. Humphries és S. P. Churchill. (1988) A nukleinsavszekvencia -adatok felhasználása a filogenetikai rekonstrukcióban. Taxon 37: 391-395

* Miyamoto, M. M. és J. Cracraft (szerk.). (1991) A DNS -szekvenciák filogenetikai elemzése. Oxford University Press, New York. 358 pp.

Nei, M. és F. Tajima. (1987) Problémák a filogenetikai következtetésben a restrikciós hely adataiból. Mol. Biol. Evolution 4: 320-323

Palmer, J. D., R. K. Jansen, H. J. Michaels, M. W. Chase és J. R. Manhart. (1988) Kloroplaszt DNS-variáció és növényfilogenetika. Ann. Mo. Bot. Gard. 75: 1180-1206

Palmer, J. D. és L. A. Herbon. (1988) A növényi mitokondriális DNS szerkezete gyorsan, de szekvenciája lassan fejlődik. J. Mol. Evolution 28: 87-97

Patterson, C. (szerk.). (1987) Molecules and Morphology in Evolution: Conflict or Compromise. Cambridge Univ. Sajtó, Cambridge.

Patterson, C., D. M. Williams és C. J. Humphries. (1993) Kongruencia a molekuláris és morfológiai filogeniák között. Ökológia és szisztematika éves áttekintése 24: 153-188

Penny, D., M. Hasegawa, P. J. Waddell és M. D. Hendy. (1999) Emlősök evolúciója: a LogDeterminant transzformáció alkalmazásának időzítése és következményei különböző aminosav -összetételű fehérjék esetében. Systematic Biology 48: 76-93

Phillips, Aloysius Janies, Daniel Wheeler, Ward (2000). "Többsoros igazítás a filogenetikai elemzésben." Molekuláris filogenetika és evolúció, 16 (3), 317-330. doi: 10.1006/mpev.2000.0785

Pisani, Davide. (2004) Gyorsan fejlődő helyek azonosítása és eltávolítása kompatibilitási elemzés segítségével: Példa az ízeltlábúakból. Systematic Biology 53: 978-989

Posada, D. és K. A. Crandall. (2001) A nukleotidszubsztitúció legjobb illeszkedési modelljének kiválasztása. Systematic Biology 50: 580-601

Saitou, N. és M. Nei. (1987) A szomszédcsatlakozási módszer: új módszer a filogenetikai fák rekonstruálására. Mol. Biol. Evolúció 4: 406-425

Sanderson, M. J. és M. J. Donoghue. (1989) Patterns of variation in level of homoplasia. Evolution 43: 1781-1795

Sarich, V. M., C. W. Schmid és J. Marks. (1989) A DNS-hibridizáció, mint a filogenetika útmutatója: kritikai elemzés. Cladistics 5: 11749

Sennblad, B. és B. Bremer.(2000) Indokolható -e a differenciált a priori súlyozás a kódoló szekvenciákban? Az rbcL abd Apocynaceae s.l. esettanulmánya. Systematic Biology 49: 101-113

* Sibley, C. G. és J. E. Ahlquist. (1986) Madárfilogenezis rekonstrukciója DNS-ek összehasonlításával. Sci. Am. 254: 82-92

Simmons, M. P. (2000) Alapvető probléma az aminosav-szekvencia karakterekkel a filogenetikai elemzésekhez. Cladistics 16: 274-282

Simmons, M. P. és H. Ochoterena. (2000) Rések, mint karakterek a szekvenciaalapú filogenetikai elemzések során. Systematic Biology 49: 369-381

Simmons, M. P., H. Ochoterena és T. G. Carr. (2001) Beillesztés, relatív homoplazia és a réskarakterek hatása a szekvenciaalapú filogenetikai elemzésekbe. Systematic Biology 50: 454-462

Slowinski, J. B. és B. S. Arbogast. (1999) A molekuláris evolúció sebessége fordítottan összefügg a testmérettel? Systematic Biology 48: 396-399

Smith, A. B. (1989) RNS-szekvencia adatok a filogenetikai rekonstrukcióban: felbontásának határainak tesztelése.

Smith, R. L. és K. J. Sytsma. (1990) A Populus nigra evolúciója (szekta. Aigeiros): introgresszív hibridizáció és a Populus alba (szekta. Populus) kloroplasztikus hozzájárulása. Am. J. Bot. 77 1176-1187

Springer, M. S., H. M. Amrine, A. Burk és M. J. Stanhope. (1999) További támogatás az Afrotheria és a Paenungulata számára, a mitokondriális és a nukleáris gének teljesítménye, valamint a heterogén bázisösszetételű adatpartíciók hatása. Systematic Biology 48: 65-75

Steel, M., D. Huson és P. J. Lockhart. (2000) Változatlan lelőhelymodellek és felhasználásuk a filogenetikai rekonstrukcióban. Systematic Biology 49: 225-232

Sytsma, K. J., J. F. Smith és L. D. Gottlieb. (1990) Phylogenetics in Clarkia (Onagraceae): kloroplasztisz DNS restrikciós hely térképezése. Systematic Botany 15: 280-295

Sytsma, K. J. (1990) DNS és morfológia: a növényi filogenézis következtetése. Trends Ecol. Evolúció 5: 104-110

Terry MD, Whiting MF. (2005) Két igazítási technika összehasonlítása egyetlen összetett adathalmazon belül: POY versus Clustal. Cladistics 21: 272-281

Van Dijk, M. A. M., E. Paradis, F. Catzeflis és W. W. De Jong. (1999) A hiányosságok erényei: Xenarthran (edentate) monofil módon, amelyet az aA-Crystallin egyedi deléciója támogat. Systematic Biology 48: 94-106

Waddell, P. J., Y. Cao, J. Hauf, M. Hasegawa. (1999) Új filogenetikai módszerek alkalmazása az emlősök mtDNS-ének értékelésére, beleértve az aminosav-invariáns helyek-LogDet plusz helyleválasztást, az adatok belső konfliktusainak kimutatására, különös tekintettel a sündisznó, a tatu és az elefánt helyzetére. Systematic Biology 48: 31-53

Wheeler, W. C. (1995) Szekvenciaalgináció, paraméterérzékenység és a molekuláris adatok filogenetikai elemzése. Systematic Biology 44: 321-331

Wheeler, W. C. (2001): Homology and the Optimization of DNA Sequence Data. Kladisztika 17: S3-S11

Wilgenbusch, J. és de Queiroz, K. (2000) Filogenetikai kapcsolatok a phyrnosomatid homokgyíkok között, amelyek a heterogén evolúciós folyamatok által generált mitokondriális DNS -szekvenciákból következtetnek. Systematic Biology 49: 592-612

Xia, X. (2000) Filogenetikai kapcsolat a patkó rákfajok között: a helyettesítési modellek hatása a filogenetikai elemzésekre. Systematic Biology 49: 87-100

Yang, Z. (1996) A helyszíni arányváltozás és hatása a filogenetikai elemzésekre. Trends Ecol. Evolution 11: 367-372

Zimmer, E. A., R. K. Hamby, M. L. Arnold, D. A. LeBlanc és E. C. Theriot. (1989) Riboszómális RNS -filogengiák és virágzó növények evolúciója. 205-214. oldal, The Hierarchy of Life (Fernholm, B., K. Bremer és H. Jornvall, szerk.). Elsevier, Amszterdam. 205-214, Az élet hierarchiája (Fernholm, B., K. Bremer és H. Jornvall, szerk.). Elsevier, Amszterdam.

Zurawski, G. és M. T. Clegg. (1987) A magasabb növényi kloroplasztisz DNS-kódolású gének fejlődése: A szerkezet-funkció és a filogenetikai vizsgálatok következményei. Ann. Rev. Plant Physiol. 38, 391-418

Avise, J.C. és G.C. Johns. (1999) Javaslat a fennálló fajok biológiai osztályozásának szabványosított időbeli sémájára. PNAS 96: 7358-7363

Ax, P. (1987) A filogenetikai rendszer: Az élőlények rendszerezése filogenezisük alapján. John Wiley & Sons, New York.

Blackwell, W. H. és M. J. Powell. (1999) A királyságok összeegyeztetése a nómenklatúra kódjaival: szükséges? Systematic Biology 48: 406-412

Bock, W. J. (1977) Az evolúciós osztályozás alapjai és módszerei. 851-895. oldal: Major patterns in vertebrate evolution (Hecht, M. K., P. C. Goody és B. M. Hecht, szerk.). Plénum, ​​New York.

** de Queiroz, K. (1988) Szisztematika és a darwini forradalom. Phil. Sci. 55: 238-259

Farris, J. S. (1974) A parafília és a polifília formális definíciói. Systematic Zoology 23: 548-554

Hennig, W. (1966) Phylogenetic systematics. University of Illinois Press, Urbana.

Lee, M. S. Y. (2001) A kígyók eredete és a népnevekkel kapcsolatos tudományos egyetértés szükségessége. Paleobiológia 27: 1-6

Mayr, E. (1998) Két vagy három birodalom? PNAS 95: 9720-9723

Nelson, G. (1973) Az osztályozás a filogenetikai kapcsolatok kifejezéseként. Systematic Zoology 22: 344-359

Padian, K. (1999) Charles Darwin nézetei az osztályozás elméletében és gyakorlatában. Systematic Biology 48: 352-364

Robeck, H. E., C. C. Maley és M. J. Donghue. (2000) Taxonómia és temproális sokszínűségi minták. Palebiology 26: 171-187

Sneath, P. H. A. és R. R. Sokal. (1973) Numerikus taxonómia. W.H. Freeman, San Francisco.

Wiley, E. O. (1981) Filogenetika: a filogenetikai szisztematika elmélete és gyakorlata. John Wiley and Sons, New York.

Woese, C. R. (1998) Alapértelmezett rendszertan: Ernst Mayr nézete a mikrobiális világról. P NATL ACAD SCI USA 95 (19) 11043-11046

Aguilar, J. F., J. A. Rossello és G. N. Feliner. (1999) Molekuláris bizonyítékok az Armeriában (Plumbaginaceae) élő hálós evolúció compilospecies modelljéhez. Systematic Biology 48: 735-755

Balakrishnan, Rohini (2005) Fajfogalmak, fajhatárok és fajok azonosítása: Nézet a trópusokról Systematic Biology 54: 689-693

Bremer, K. és H. E. Wanntorp. (1979) Földrajzi populációk vagy biológiai fajok a filogenetikai rekonstrukcióban? Systematic Zoology 28: 220-224

Brower, A. V. Z. (1999) Filogenetikai fajok elhatárolása DNS-szekvenciákkal: Nixon kritikája? s népesség -aggregációs tanulmányok. Systematic Biology 48: 199-213

Cantino, P. D., H. N. Bryant, K. de Queiroz, M. J. Donoghue, T. Eriksson, D. M. Hillis és M. S. Y. Lee. (1999) Fajnevek a filogenetikai nómenklatúrában. Systematic Biology 48: 790-808

Cohan, F. M. (2001) Baktériumfajták és speciáció. Systematic Biology 50: 513-524

Cracraft, J. (1983) Fajfogalmak és fajtaelemzés. Curr. Ornith. 1: 159-187

Cronquist, A. (1978) Még egyszer: mi az a faj? Pp. 3-20 in Bioszisztematika a mezőgazdaságban, szerk. J. A. Romberger. Montclair, New Jersey: Allanheld & amp; Osmun.

Davis, J. I. (1995) Fajfogalmak és filogenetikai elemzés - bevezetés. Systematic Botany 20: 555-559 Bevezetés egy szimpóziumhoz -- több releváns közlemény itt

Donoghue, M. J. (1985) A biológiai fajkoncepció kritikája és ajánlások egy filogenetikai alternatívára. Bryologist 88: 172-181

Ehrlich, P. R. és P. H. Raven. (1969) A populációk differenciálása. Science 165: 1228-1232

Ehrlich, P. R. és R. R. White. (1980) Colorado Checkerspot Butterflies: elszigeteltség, semlegesség és a biológiai fajok. Am. Nat. 115: 328-341

Eldredge, N. és J. Cracraft. (1980) Filogenetikai minták és az evolúciós folyamat. New York: Columbia Univ. Nyomja meg.

Frost, D. R. és J. W. Wright. (1988) Az uniparental fajok taxonómiája, különös tekintettel a partenogenetikus Cnemidophorus -ra (Squamata: Teiidae). Systematic Zoology 37: 200-209

Frost D.R. és Kluge, A.G .. (1994) Az ismeretelmélet megfontolása a szisztematikus biológiában, különös tekintettel a fajokra. Cladistics 10: 259-294

Ghiselin, M. T. (1987) Fajfogalmak, egyéniség és objektivitás. Biol. Phil. 2: 127-143

Goldstein, P. Z. és R. DeSalle. (2000) Phylogenetic Species, Nested Hierarchies, and Character Fixation. Cladistics 16: 364-384

Gould, S. J. (1980) A Quahog is Quahog. 204-213. oldal, The Pandas Thumb. Norton.

Grant, V. (1981) Növényi fajok. New York: Columbia Univ. Nyomja meg.

Graybeal, A. (1995) A fajok megnevezése. Systematic Biology 44: 237-250

Holman, E. W. (1987) Az ivaros és ivartalan fajok felismerhetősége. Systematic Zoology 36: 381-386

Hull, D. L. (1987) Genealógiai szereplők ökológiai szerepekben. Biol. Phil. 2: 168-184

Lawrence, J. G. (2001) A bakteriális fajok katalizálása: az oldalsó transzfer korrelációja a genetikai fejtérrel. Systematic Biology 50: 479-497

evin, D. A. és H. W. Kerster. 1974. Génáramlás a magnövényekben. Evol. Biol. 7: 139-220.

Levin, D. A. 1979. A növényfajok természete. Science 204: 381-384.

Lidén, M. és B. Oxelman. 1989. Faj – minta vagy folyamat? Taxon 38: 228-232.

Mattern, M. Y. és D. A. McLennan. 2000. A macskafélék törzsfejlődése és specifikációja. Cladistics 16: 232-253.

Mayr, E. 1970. Populációk, fajok és evolúció. Cambridge, Mass .: Harvard Univ. Nyomja meg.

Mayr, E. 1982. The Growth of Biological Thought. Harvard University Press, Cambridge, Mass. Különösen a 6. fejezet, a "Mikrotaxonómia, a fajok tudománya"

Mayr, E. 1984. Fajfogalmak és alkalmazásuk. (újranyomtatva) 531-540. oldal: Conceptual Issues in Evolutionary Biology (Sober, E., szerk.). MIT sajtó, Cambridge, Mass.

McKitrick, M. C. és R. M. Zink. 1988. Fajfogalmak az ornitológiában. Kondor 90: 1-14.

Miller, W. 2001. A fajok szerkezete, a fajképződés eredményei és a &lsquospecies problem&rsquo: ötletek a paleobiológiához. Ősföldrajz, Palaeoklimatológia, Paleoökológia 176: 1-10.

Mishler, B. D. és M. J. Donoghue. 1982. Fajfogalmak: a pluralizmus esete. Syst. Zool. 31: 491-503.

Mishler, B. D. 1985. A fajkoncepciók morfológiai, fejlődési és filogenetikai alapjai mohafélékben. Bryol. 88: 207-214.

**Mishler, B. D. és R. N. Brandon. 1987. Egyéniség, pluralizmus és a filogenetikai faj fogalma. Biol. Phil. 2: 397-414.

Mishler, B. D. és A. F. Budd. 1990. Fajok és evolúció a klonális szervezetekben - bevezetés. Syst. Bot. 15: 79-85.

Nelson, G. J. és N. I. Platnick. 1981. Szisztematika és biogeográfia: kladisztika és vicariancia. New York: Columbia Univ. Nyomja meg.

**Nixon, K. C. és Q. D. Wheeler. 1990. A filogenetikai fajok fogalmának felerősítése. Cladistics 6: 211-223.

Otte, D. és J. A. Endler (szerk.). 1989. Specifikáció és következményei. Sinauer Associates, Sunderland, Mass.

Paterson, H. E. H. 1985. A fajok felismerésének fogalma. Pp. 21-29 in Fajok és fajok, szerk. E. S. Vrba. Pretoria: Transvaal Múzeum.

Ridley, M. 1989. A fajprobléma kladisztikus megoldása. Biol. Phil. 4:1-16.

Rosen, D. E. 1978. Vicariáns minták és történelmi magyarázat a biogeográfiában. Syst. Zool. 27: 159-188.

Rosen, D. E. 1979. Guatemala felvidéki és intermontán medencéjének halai: revíziós tanulmányok és összehasonlító földrajz. Bika. Amer. Mus. Nat. Hist. 162:267-376. Simpson, G. G. 1961. Principles of animal taxonomy. New York: Columbia Univ. Nyomja meg.

Schander, C. és M. Thollesson. 1995. Filogenetikai rendszertan - néhány megjegyzés. Zoologica Scripta 24(3):263-268.

Sokal, R. R. és T. J. Crovello. 1984. A biológiai fajkoncepció: kritikai értékelés. (újranyomtatva) 541-566. oldal: Conceptual Issues in Evolutionary Biology (Sober, E., szerk.). MIT Press, Cambridge, Mass.

Templeton, A.R. 1989. A fajok és a fajok jelentése: genetikai perspektíva. Pp. 3-27 in Specifikáció és következményei, szerk. D. Otte és J. A. Endler. Sunderland, Mass .: Sinauer Associates.

Theriot, E. 1992. A kovaföldek halmazai, fajfogalmai és morfológiai alakulása. Syst. Biol. 41: 141-157.

Van Valen, L. M. 1976. Ökológiai fajok, többféle faj és tölgy. Taxon 25: 233-239.

Van Valen, L. M. 1982. A fajok integrációja: pangás és biogeográfia. Evol. Theory 6:99-112.

Vrba, E. S. (szerk.). 1985. Faj és faj. Transvaal Múzeum, Pretoria. Összegyűjtött munka számos jó papírral.

Wheeler, Q. D. és Meier, R. 2000. Fajfogalmak és filogenetikai elmélet. Columbia Unviersity Press, New York.

Wiens, J. J. és T. A. Penkrot. 2002. A fajok elhatárolása DNS -sel és morfológiai variációval, valamint a diszkonform fajhatárok felhasználásával tüskés gyíkokban (Sceloporus). Systematic Biology 51: 69-91.

Wiley, E. O. 1978. Az evolúciós fajkoncepció újragondolása. Syst. Zool. 27:17-26.

Wilson, R. A. (szerk.). 1999. Faj: Új interdiszciplináris esszék. MIT Press, Cambridge.

Winston, J. E. 1999. Describing Species. Columbia University Press, New York.

Wu, C.-I. 2001. A fajzás folyamatának általános nézete. Journal of Evolutionary Biology 14: 851-865. Nézze meg a sok megjegyzést és Wu válaszát ugyanabban a kérdésben.

Hebert, Paul D. N. Gregory, T. Ryan. A DNS vonalkód ígérete a taxonómia számára. Szisztematikus biológia 54 (5) 2005

Wheeler QD. A cselekmény elvesztése: DNS "barcodes" és taxonómia. Cladistics 21 (4): 405-407 2005

Will, Kipling W. Mishler, Brent D. Wheeler, Quentin D.. A DNS vonalkódolás veszélyei és az integráló taxonómia szükségessége. Szisztematikus biológia 54 (5) TOT 2005

Albert VA, Chase MW és Mishler BD (1993) Karakterállapot-súlyozás a fehérjét kódoló DNS-szekvenciák kladisztikus elemzéséhez. Ann. Missouri Bot. Gard. 80, 752-766

Albert VA és Mishler BD (1992) A nukleotidszekvencia -adatok súlyozásának ésszerűségéről. Cladistics 8: 73-83

Albert VA, Mishler BD és Chase MW (1992) A restrikciós hely adatainak karakterállapot-súlyozása a filogenetikai rekonstrukcióban, egy példával a kloroplasztisz DNS-ből. 369-403. o. in PS Soltis, DE Soltis és JJ Doyle (szerk.): Molecular Systematics of Plants. New York: Chapman és amp Hall

Anderson, J. S. (2001) A filogenetikai törzs: a hiányzó adatok maximális bevonása a Lepospondyli (Vertebrata, Tetrapoda) elemzésébe. Systematic Biology 50: 170-193

Bininda-Emonds, O. R. P., M. J. Sanderson. (2001) A mátrixábrázolás pontosságának felmérése parsimony -elemzés supertree konstrukcióval. Systematic Biology 50: 565-579

Bodenbender, B. E. és D. C. Fisher. (2001) A blasztoid filogenézis stratocladisztikus elemzése. Paleontology Journal 75: 351-369

Bremer, B., R. K. Jansen, B. Oxelman, M. Backlund, H. Lantz és K.-J. Kim. (1999) Több karakter vagy több taxon egy robusztus filozófia számára? esettanulmány a kávéfélék családjából (Rubiaceae). Systematic Biology 48: 413-435

Brochu, C. A. (1999): Taxon-mintavétel és fordított egymás utáni súlyozás. Systematic Biology 48: 808-814

Camin, J. H. és R. R. Sokal. (1965) Elágazási szekvenciák levezetésére szolgáló módszer a filogenezisben. Evolution 19: 311-326

Cavalli-Sforza, L. L. és A. W. F. Edwards. (1967) Filogenetikai elemzés: Modellek és becslési eljárások. Evolution 32: 550-570

Clyde, W. C. és D. C. Fisher. (1997) A rétegtani és morfológiai adatok illeszkedésének összehasonlítása a filogenetikai elemzésben. Paleobiológia 23: 1-19

Constantinescu, M. és D. Sankoff. (1986) Fa enumeration modulo a consensus. Osztályozási Közlöny 3: 349-356

Donoghue, M. J. és W. P. Maddison. (1986) Polaritásértékelés a filogenetikai szisztematikában: válasz Meachamra. Taxon 35: 534-545

Farris, J. S. (1969) Egy egymást követő közelítési megközelítés a karaktersúlyozáshoz. Systematic Zoology 18: 374-385

Farris, J. S. (1970) Wagner -fák számítási módszerei. Systematic Zoology 19: 83-92

Farris, J. S. (1972): Filogenetikai fák becslése távolságmátrixokból. Amerikai természettudós 106: 645-668

Farris, J. S. (1977) Filogenetikai elemzés Dollo törvénye szerint. Systematic Zoology 26: 77-88

Farris J. S. (1981) Távolságadatok a filogenetikai elemzésben. 3-23. oldal, VA Funk és DR Brooks (szerk.): Advances in Cladistics: Proceedings of the First Meeting of the Willi Hennig Society. Bronx, New York: New York Botanikus Kert

Farris, J. S. (1982) Outgroups and parsimony. Systematic Zoology 31: 328-334

Farris J. S. (1983) A filogenetikai elemzés logikai alapja. 7-36. oldal: N Platnick és V Funk (szerk.): Advances in Cladistics, 2. kötet NY: Columbia Univ. Nyomja meg.

Farris, J. S. (1988) Hennig86, 15. verzió A szerző terjesztette, Port Jefferson Station, NY.

Felsenstein, J. (1978) Az evolúciós fák száma. Szisztematikus állattan 27: 27-33

Felsenstein, J. (1978) Azok az esetek, amikor a parsimony és a kompatibilitás pozitívan félrevezető lesz. Systematic Zoology 27: 401-410

Felsenstein, J. (1984) A filogenetikai következtetés statisztikai megközelítése, és mit mond nekünk a szűkösségről és a kompatibilitásról. 169-191. Oldal, T. Duncan és T. F. Stuessy (szerk.), Cladistics: Perspectives on the Reconstruction of Evolutionary History (Columbia University Press:

Fisher, D. C. (1991) Filogenetikai elemzés és alkalmazása az evolúciós paleobiológiában. 103-121. oldal: Analytical Paleobiology.

Fisher, D. C. (1992): Stratigraphic Parsimony. 124-129. oldal: MacClade: Analysis of Phylogeny and Character Evolution, 3. verzió (W. P. Maddison és D. R. Maddison, szerk.). Sinauer Associates, Sunderland, MA.

Fisher, D. C. (1994) Stratocladistics: morfológiai és időbeli minták, valamint ezek kapcsolata a filogenetikai folyamattal. 133-171. Oldal: A természet hierarchiájának értelmezése? a szisztematikus mintáktól az evolúciós elméletekig (L. Grande és O. Rieppel, szerk.). Academic Press, S

Fitch, W. M. (1971) Az evolúció menetének meghatározása felé: minimális változás egy adott fa topológiában. Systematic Zoology 20: 406-416

Gaffney, E. S. (1979) Bevezetés a filogenetikai rekonstrukció logikájába. In J Cracraft és N Eldredge (szerk.): Phylogenetic Analysis and Paleontology. New York: Columbia University Press, 79-111

Gascuel, O., D. Bryant és F. Denis. (2001) A minimális evolúció elvének erősségei és korlátai. Systematic Biology 50: 621-627

Hendy, M. D. és D. Penny. (1982) Elágazó és kötött algoritmusok a minimális evolúciós fák meghatározásához. Mathematical Biosciences 59: 277-290

Hendy, M. D., M. A. Steel, D. Penny és I. M. Henderson. (1988) Fák családjai és konszenzus. 355-362. oldal: H. H. Bock (szerk.), Classification and Related Methods of Data Analysis (Elsevier: Amsterdam).

Hennig, W. (1966) Phylogenetic Systematics. (University of Illinois Press: Urbana, Illinois).

Hillis, D. M. (1987) Molecular versus morphological approaches to systematics. Ökológiai és Rendszertani Szemle 18: 23-42

Hillis DM, Bull JJ, White ME, Badgett MR és Molineux IJ.(1992) Kísérleti filogenetika: ismert filogenetika létrehozása. Science 255: 589-592

Houseworth, E. A. és E. P. Martins. (2001) A korlátozott filogengiák véletlenszerű mintavétele: filogenetikai elemzések elvégzése, amikor a filogenetika részben ismert. Systematic Biology 50: 628-639

Huelsenbeck, J. P. (1995) Performance of filogenetikai módszerek szimulációban. Systematic Biology 44: 17-48

Kim, J. (1996) Általános következetlenségi feltételek a maximális parsimoniához: az ágak hosszának és a növekvő taxonszámoknak a hatásai. Systematic Biology 45: 363-374

Kitching, I. J., P. L. Forey, C. J. Humphries és D. M. Williams. (1998) Cladistics: The Theory and Practice of Parsimony Analysis. Második kiadás. Oxford, Oxford University Press.

Kluge, A. G. és J. S. Farris. (1969) Kvantitatív filletika és az anuránok fejlődése. Szisztematikus állattan 18: 1-32

Kornet, D. J. és H. Turner. (1999) Polimorfizmus kódolása a filogenézia rekonstrukciójához. Systematic Biology 48: 365-379

Lake, J. A. (1987) Evolúciós távolságok meghatározása erősen eltérő nukleinsavszekvenciáktól: operátormetrikák. J. Mol. Evolution 26: 59-73

Lundberg, J. G. (1972) Wagner -hálózatok és ősök. Systematic Zoology 21: 398-413

Maddison, D. R. (1991) A legelterjedtebb fák több szigetének felfedezése és fontossága Szisztematikus állattan 40: 315-328

Maddison, W. P. (1989) A karakter evolúciójának rekonstrukciója politomikus kladogramokon. Cladistics 5: 365-377

Maddison, W. P. és D. R. Maddison. (2002) MacClade: Phylogeny and Character Evolution elemzése (4. verzió). Sinauer Associates, Sunderland, MA. 3. fejezet, "A filogenetikai következtetés áttekintése." 4. fejezet, "A karakterfejlődés rekonstrukciója a tisztességességgel."

Meacham, C. A. (1984) A karakterek feltételezett irányának szerepe az evolúciós történelem becslésében. Taxon 33: 26-38

Meacham, C. A. (1986) További információ a rendezett karakterekről: válasz Donoghue -nak és Maddisonnak. Taxon 35: 538-540

Mitchell, A., C. Mitter és J. C. Regier. (2000) Több taxon vagy több karakter felülvizsgálata: a nukleáris fehérjét kódoló gének adatainak kombinálása a Noctuoidea (Insecta: Lepidoptera) filogenetikai elemzéséhez. Systematic Biology 49: 202-224

Nelson G és Platnick, N. (1981): Systematics and Biogeography, Cladistics and Vicariance. New York: Columbia Univ. Nyomja meg.

O'Keefe, F. R. és P. M. Sander. (1999) Paleontológiai paradigmák és filogenetikai mintázat következtetései: esettanulmány. Paleobiology 25: 518-533

Page, R. D. M. (1989) Megjegyzések a komponens-kompatibilitásról a történelmi biogeográfiában. Kladisztika 5: 167-182

Penny, D. és M. D. Hendy. (1985) A fa-összehasonlítási metrikák használata. Systematic Zoology 34: 75-82

Penny, D., Hendy MD és Steel MA (1992): Haladás az evolúciós fák felépítésének módszereiben. Trends in Ecology and Evolution 7: 73-79

Pickett KM, Tolman GL, Wheeler WC stb. (2005) Az elesetek leküzdik a statisztikai ellentmondásokat, ha több adatot adnak hozzá ugyanabból a génből. Cladistics 21: 438-445

Prendini, L. (2001) Fajok vagy szupraspecifikus taxonok, mint terminálok a kladisztikus elemzésben? Az alaprajzok a példamutatókkal szemben. Systematic Biology 50: 290-300

Quicke, D. L. J., J. Taylor és A. Purvis. (2001) A táj megváltoztatása: új stratégia a nagy filogenezisek becslésére. Systematic Biology 50: 60-66

Sankoff, D., R. J. Cedergren és W. McKay. (1982) A szekvenciafilogenetikai kutatás stratégiája. Nucleic Acids Research 10: 421-431

Sankoff, D.D. és R. J. Cedergren. (1983) Három vagy több fa által rokon szekvencia egyidejű összehasonlítása. 253-263. oldal: D. Sankoff és J. B. Kruskal (szerk.), Time Warps, String Edits and Macromolecules: the Theory and Practice of Sequence Comparison (Addison-Wesley: Reading, Mass.).

Sankoff, D.D. és P. Rousseau. (1975) Steiner-fa csúcsainak lokalizálása tetszőleges metrikus térben. Matematikai programozás 9: 240-246

Simmons, N. B. (2001) Félrevezető eredmények a kétértelmű kódolás használatából a polimorfizmusok pontozására magasabb szintű taxonokban. Systematic Biology 50: 613-620

Smith, E. N. és R. L. Gutberlet Jr. (2001) Általános frekvenciakódolás: módszer polimorf többlépcsős karakterek előállítására filogenetikai elemzéshez. Systematic Biology 50: 156-169

Sokal, R. R. és F. J. Rohlf. (1981) Taxonómiai kongruencia a Leptopodomorpha-ban újra megvizsgálva. Systematic Zoology 30: 309-325

Józan, Elliott. (2004) Verseny a szűkszavúság és a valószínűség között. Systematic Biology 53: 644-653

Swofford, D. L. (1991) Mikor inkongruensek a morfológiai és molekuláris adatokból származó filogenetikai becslések? 295-333. Oldalak M. M. a. J. C. Miyamoto (szerk.), Phylogenetic Analyis of DNA Sequence (Oxford University Press: New York, N. Y.).

Swofford, D. L. és W. P. Maddison. (1987) Az ősi karakterállapotok rekonstrukciója Wagner parszimónia alatt. Mathematical Biosciences 87: 199-229

Swofford DL és Olsen GJ (1990) Phylogeny rekonstrukció. 411-501. oldal: DM Hillis és C Moritz (szerk.): Molecular Systematics (Első kiadás). Sunderland, MA: Sinauer Associates.

** Swofford, D. L. (1991) PAUP: Phylogenetic Analysis Using Parsimony, 31 Illinois Nat. Hist. Surv., Champaign, Illinois.

Templeton, A. R. (1983a) Konvergens evolúció és nem-paraméteres következtetések restrikciós fragmentum- és DNS-szekvencia adatokból. p. 151-179, B. Weir (szerk.), DNS-szekvenciaadatok statisztikai elemzése (Marcel Dekker: New York).

Templeton, A. R. (1983b) A restrikciós endonukleáz hasítási helytérképeiből származó filogenetikai következtetés, különös tekintettel az emberek és a majmok fejlődésére. Evolution 37: 221-244

WAGNER, P. J. (1995) Kladisztikus hipotézisek stratigráfiai tesztjei. Paleobiology 21: 153-178

WAGNER, P. J. (1997) A morfológiai diverzifikáció mintái a rostroconchia körében. Paleobiology 23: 115-150

Wiley, E. O. (1981) Phylogenetics. A filogenetikai szisztematika elmélete és gyakorlata. (Wiley and Sons: New York).

Wheeler W.C. és Nixon K. (1994) Új módszer a kladogramok gazdaságos diagnosztizálására Sankoff optimalizálás. Cladistics 10: 207-213

Wiley, E. O., D. Siegel-Causey, D. R. Brooks és V. A. Funk. (1991) The Complete Cladist. A filogenetikai eljárások alapja. (University of Kansas Museum of Natural History Special Publ. No. 19, Lawrence, Kansas).

Barbujani, G., Oden, N. L., & amp; Sokal, R. R. (1989) A hirtelen változások régióinak észlelése a biológiai változók térképén. Systematic Zoology 38: 37 6-389

Barrett S.J. & amp; Sneath, P.H.A. (1994) A Neisseria nemzetség numerikus fenotípusos taxonómiai vizsgálata. Microbiology 140, 2867-2891

Blackwelder, R.E. (1967) A numerikus rendszertan kritikája. Systematic Zoology 16: 64-72

* Colless, D. H. (1967) Fogalmak vizsgálata a fenetikus taxonómiában. Szisztematikus állattan 16: 6-27

** Farris, J.S. (1967) A kapcsolat és a rendszertani eljárás jelentése. Systematic Zoology 16: 44-51

Felsenstein, J. (2001) A statisztikai filogenetika problémás növekedése. Systematic Biology 50: 465-467

Huson, Daniel H. Steel, Mike. (2004) Távolságok, amelyek tökéletesen félrevezetnek. Systematic Biology 53: 327-332

* Jacobson, H. R. & amp; Kistner, D. H. (1975) A Termitusina (Coleoptera: Staphylinidae) alnemzetség nemzetségeinek és fajainak kapcsolatainak numerikus elemzése. Systematic Zoology 24: 191-198

* Kim, J., Rohlf, F. J. & amp; Sokal, R. R. (1993) A filogenetikai becslés pontossága a szomszédos csatlakozás módszerével. Evolution 47: 471-486

Mayr, E. (1965) Numerikus fenetika és taxonómiai elmélet. 73-97 14: 73-97

Moss, W. (1968) Kísérletek a numerikus taxonómia különböző technikáival. Systematic Zoology 17: 31-47

Nelson, A. D. és W. J. Elisens. (1999) Poliploid evolúció és biogeográfia Chelone -ban (Scrophulariaceae): Morfológiai és izozim bizonyítékok. American Journal of Botany 86: 1487-1501

Rasnitsyn, A.P. (1996) Fogalmi kérdések a filogenetikában, a rendszertanban és a nómenklatúrában. CONTRIB ZOOL 66: 3-41

Rohlf, F. J., Chang, W. S., Sokal, R. R. és Kim Kim, J. Y. (1990) A fa topológia és az evolúciós modell becsült filogenetikai hatásainak pontossága. Evolution 44: 1671-1684

Sneath, P. H. A. (1967) Néhány statisztikai probléma a numerikus taxonómiában. Statisztikus 17: 1-12

Sneath, P. H. A. (1969) A numerikus taxonómia legújabb tendenciái. Taxon 18: 14-20

* Sneath, P. H. A. (1971) Numerikus rendszertan: kritikák és kritikák. Biol. J. Linn. Soc. 3, 147-157

Sneath, P. H. A. (1961) Az elméleti és mennyiségi taxonómia legújabb fejleményei. Systematic Zoology 10: 118-139

Sneath, P.H.A. (1989) A szekvenciaadatok elemzése és értelmezése bakteriális szisztematika számára: Egy numerikus taxonómus nézete. Szisztematikus és alkalmazott mikrobiológia 12: 15-31

Sneath, P. H. A. és R. R. Sokal (1962) Numerikus taxonómia. Nature 193, 855-860

** Sneath, P.H.A. & amp; Sokal, R. R. (1973) Numerikus taxonómia a numerikus osztályozás elvei és gyakorlata. W. H. Freeman, San Francisco.

Sokal, R. R. (1965) Statisztikai módszerek a szisztematikában. Biol. Rev. 40: 337-391

Sokal, R. R. (1966) Numerikus taxonómia. Sci. Amer. 215: 106 116

Sokal, R. R. (1969) Állatrendszertan: elmélet és gyakorlat. Kvart. Rev. Biol. 44: 209-211

Sokal, R. R., J. H. Camin, F. J. Rohlf és P. H A. Sneath (1965) Numerikus rendszertan: néhány nézőpont. Systematic Zoology 14: 237-243

* Sokal, R. R., Kim, J.Y. & Rohlf, F.J. (1992) Karakter és OTU stabilitás 5 taxonómiai csoportban. Journal of Classification 9: 117-140

* van der Steen, W. J. & amp; Boontje, W. (1973) Phylogenetic versus phenetic taxonomy: A reppraisal. Systematic Zoology 22: 55-63

Bergsten J. (2005) A hosszú ágú vonzás áttekintése. Cladistics 21: 163-193

Buckley, T. R., C. Simon és G. K. Chambers. (2001) A helyváltoztatási modellek közötti feltárás maximális valószínűségi keretrendszerben empirikus adatok felhasználásával: a modellfeltételezések hatása a topológia, az ágak hossza és a bootstrap támogatás becsléseire. Systematic Biology 50: 67-86

Brinkmann, Henner Van der Giezen, Mark Zhou, Yan és mtsai. (2005) A mélyágú eukarióta filogenomika hosszú ágú vonzási műtárgyainak empirikus értékelése. Szisztematikus biológia 54:

Caterinno, M. S., R. D. Reed, M. M. Kuo és F. A. H. Sperling. (2001) A fecskefarkú pillangók (Lepidoptera: Papilionidae) törzsfejlődésének megosztott valószínűségi elemzése. Systematic Biology 50: 106-127

DeBry, R. W. és N. A. Slade. (1985) A restrikciós endonukleáz hasítási térképek kladisztikus elemzése maximum-likelihood keretek között. Systematic Zoology 34: 21-34

deQueiroz, K. és S. Poe. (2001) Filozófia és filogenetikai következtetés: a valószínűség és a szűkszavú módszerek összehasonlítása Karl Popper kontextusában? s írások a megerősítésről. Systematic Biology 50: 305-321

Huelsenbeck, J. P. és B. Rannala. (1997) A hpylogeny maximális valószínűségének becslése rétegtani adatok felhasználásával. Paleobiology 23: 174-180

Huelsenbeck, J. P. és B. Rannala. (2000) Rétegtani információk felhasználása a filogenetikában. 165-191. o.: J. J. Wiens (szerk.), Phylogenetic Analysis of Morphological Data. Washington DC, Smithsonian Institution Press.

Faith, D. P. és W. H. Trueman. (2001) Inkluzív filogenézis felé a filogenetikai következtetéshez. Systematic Biology 50: 331-350

Farris, J. S. (2000) Megerősítés versus & quotStrongest Evidence. Cladistics 16: 385-393

** Felsenstein J. (1981) Evolúciós fák DNS -szekvenciákból: maximális valószínűségi megközelítés. J. Mol. Evolution 17: 368-376

Haber, Matthew H. (2005) A valószínűségről és a szisztematikáról: Lehetőség, valószínűség és filogenetikai következtetés. Systematic Biology 54: 831-841

Kluge, A. G. (2001) Filozófiai sejtések és cáfolatuk. Systematic Biology 50: 322-331

Lewis, P. O. (2001) Valószínűségi megközelítés a törzsfejlődés becsléséhez diszkrét morfológiai karakteradatokból. Systematic Biology 50: 913-925

Mooers, A. O. és D. Schluter. (1990) Ősállapotok rekonstrukciója maximális valószínűséggel: egy- és kétsebességű modellek támogatása. Systematic Biology 48: 612-622

Pagel, M. (1999) A maximális valószínűségi megközelítés a diszkrét karakterek ősi karakterállapotainak rekonstruálásához a filogengiákon. Systematic Biology 48: 612-622

Pol, D. és M. E. Siddall. (2001) Biases in Maximum Likelihood and Parsimony: A Simulation Approach to a 10 Taxon Case. Cladistics 17: 266-281

Rogers, J. S. (2001) A filogenetikus fák maximális valószínűségi becslése következetes, ha a helyettesítési arányok a változatlan helyektől és a gamma -eloszlástól függően változnak. Systematic Biology 50: 713-722

Salter, L. A. (2001) A valószínűségi felület összetettsége nagy DNS-adatkészlet esetén. Systematic Biology 50: 970-978

Salter, L. A. és D. K. Pearl. (2001) Sztochasztikus keresési stratégia a legnagyobb valószínűségű filogenetikus fák becslésére. Systematic Biology 50: 7-18

Sanderson, M. J. és J. Kim. (2000) Parametrikus filogenetika? Systematic Biology 49: 817-829

Swofford, D. L, P. J. Waddell, J. P. Huelsenbeck, P. G. Foster, P. O. Lewis és J. S. Rogers. (2001) Elfogultság a filogenetikai becslésben és relevanciája a parsimony és a likelihood módszerek közötti választásnál. Systematic Biology 50: 525-539

Wagner, P. J. (1998) A valószínűségi megközelítés a fosszilis taxonok közötti filogenetikai kapcsolatok becsléseinek értékeléséhez. Paleobiology 24: 430-449

WAGNER, P. J. (1999) A fosszilis adatok hasznossága filogenetikai elemzésekben: valószínűségi példa a Lophospiridae (Gastropoda: Murchisoniina) ordovícium-sziluri fajainak felhasználásával. Amer. Malac. Bika. 15: 1-31

Wagner, P. J. (2000) Filogenetikai elemzések és a fosszilis feljegyzések: tesztek és következtetések, hipotézisek és modellek. Paleobiology 26: 341-371

Wagner, P. J. (2001) Értékelje a héjkarakter evolúciójának heterogenitását a lophospirioid gastropodák között. Paleobiology 27: 290-310

Huelsenbeck, John P. Larget, Bret Miller, Richard E. Ronquist, Fredrik (2002). A filogenetika Bayes-i következtetésének lehetséges alkalmazásai és buktatói. Szisztematikus biológia, 51(5), 673-688. doi:10.1080/10635150290102366 (Scholar)

Nylander, Johan A. A. Ronquist, Fredrik Huelsenbeck, John P., et al. (2004) A kombinált adatok bayesi filogenetikai elemzése. Szisztematikus biológia, 53, 47-67.

Pagel, Mark Meade, Andrew Barker, Daniel (2004). Az ősi karakterállapotok Bayes-féle becslése a filogeniákon. Systematic Biology 53: 673-684

Redelings, Benjamin D. Suchard, Marc A. (2005) Joint Bayesian becslés az igazodásról és a filogenizmusról. Systematic Biology 54: 401-418

Yang, Ziheng Rannala, Bruce. (2005) Az ághosszúságú korábbi hatások befolyásolják a filozófia baleseti utólagos valószínűségét. Systematic Biology 54: 455-470

Zwickl, Derrick J. Holder, Mark T. (2004) Modellparaméterezés, korábbi eloszlások és az általános időreverzibilis modell a bayesi filogenetikában. Systematic Biology 53: 877-888

Adams, E. N., III. (1972) Konszenzusos technikák és a rendszertani fák összehasonlítása. Systematic Zoology 21: 390-397

Archie, J. W. (1989) Homoplasia túlsúly: új indexek a homoplázia szintjének mérésére a filogenetikai rendszertanban és a konzisztenciaindex kritikája. Systematic Zoology 38: 253-269

Archie, J. W. (1989) A randomizációs teszt filogenetikai információhoz szisztematikus adatokban. Systematic Zoology 38: 239-252

Barrett M, Donoghue MJ és Sober E. (1991) A konszenzus ellen. Systematic Zoology 40: 486-493

Bremer K. (1988) Az aminosavszekvencia -adatok határai az angiosperm filogenetikai rekonstrukciójában. Evolution 42: 795-803

Bremer, K. (1990) Kombinálható komponensek konszenzusa. Cladistics 6: 369-372

Bremer, K. (1994) Ágtartás és fa stabilitása. Cladistics 10: 295-304

Brower, A. V. Z., R. DeSalle és A. Vogler. (1996) Génfák, fajfák és szisztematika: kladisztikus perspektíva. Ökológia és szisztematika éves áttekintése 27: 423-450

Bryant, D. (2003) A filogenetikai konszenzusos módszerek osztályozása. in Janowitz, M., Lapointe, F. J., McMorris, F., Mirkin, B. Robers, F. (szerk.) Bioconsensus. DIMACS-AMS. 163-184

Bull, J. J., J. P. Huelsenbeck, C. W. Cunningham, D. L. Swofford és P. J. Waddell. (1993) Az adatok felosztása és kombinálása filogenetikai elemzésben. Systematic Biology 42: 384-397

Cameron, S. A. és P. Mardulyn. (2001) Több molekuláris adathalmaz a méhek erősen eusociális viselkedésének független eredetére utal (Hymenoptera: Apinae). Systematic Biology 50: 194-214

Cannon, C. H. és P. S. Manos. (2001) A morfometirc alakú datya ötvözése és összehasonlítása egy molekuláris filogenézissel: a gyümölcstípus evolúciójának esete a Bornean Lithocarpus (Fagaceae) -ban. Systematic Biology 50: 860-880

Chavarria, G. és J. M. Carpenter. (1994) Összes bizonyíték és a rendkívül szociális méhek fejlődése. Cladistics 10: 229-258

Chippendale, P. T. és J. J. Wiens. (1994) Karakterek súlyozása, felosztása és kombinálása a filogenetikai elemzésben. Systematic Biology 43: 278-287

Coddington, J. és Scharff, N. (1994) Problémák a nulla hosszúságú ágakkal. Cladistics 10: 415-423

** de Queiroz, A., M. J. Donoghue és J. Kim. (1995) A filogenetikai bizonyítékok különálló és kombinált elemzése. Annual Review of Ecology and Systematics 26: 657-681

DeBry, R. W. (2001) A DNS -szekvenciaadatok bomlási indexének értelmezésének javítása. Systematic Biology 50: 742-752

DeBry, R. W. és R. G. Olmstead. (2000) Egy szimulációs vizsgálat csökkentett fa-keresési erőfeszítésről a bootstrap újramintavételezési elemzésben. Systematic Biology 49: 171-179

Donoghue MJ, Olmstead RG, Smith JF és Palmer JD. (1992) Dipsacales filogenetikai kapcsolatai rbcL szekvenciák alapján. Ann. Missouri Bot. Gard. 79: 333-345

Farris, J. S. (1989a) A retenciós index és a homoplazia -felesleg. Systematic Zoology 38: 406-407

Farris, J. S. (1989b) A megtartási index és az átskálázott konzisztencia index. Cladistics 5: 417-419

Farris J. S., Kallersjo, M., Kluge, A. G. és Bult, C. (1994) Az inkongruencia jelentőségének vizsgálata. Cladistics 10: 315-319

Farris, J. S., M. Kallersjo és J. E. De Laet. (2001) Az ágak hossza nem jelzi a támogatást – még a legnagyobb valószínűséggel sem. Cladistics 17: 298-299

** Felsenstein, J. (1985) A filogeniák bizalmi korlátai: Egy megközelítés a bootstrap használatával. Evolution 39, 783-791

Flook, P. K., S. Klee és C. H. F. Rowell. (1999) Az Orthoptera (Arthropoda, Insecta) kombinált molekuláris filogenetikai elemzése és következményei magasabb rendszerszerűségükre. Systematic Biology 48: 233-253

Flores-Villela, O., K. M. Kjer, M. Benabib és J. W. Sites Jr. (2000) Több adathalmaz, kongruencia és hipotézisvizsgálat a Sceloporus gyíknemzetség (Squamata, Phyrnosomatidae) alapcsoportjainak törzsfejlődéséhez. Systematic Biology 49: 713-739

Gatesy, J.(2000) Összekapcsolt ágtámasz és fa stabilitása. Systematic Biology 49: 800-808

Gatesy, J. és P. Arctander. (2000) Rejtett morfológiai támogatás a Pseudoryx nghetinhensis filogenetikai elhelyezéséhez szarvasmarhafélékkel: a bruttó anatómiai bizonyítékok és öt gén DNS-szekvenciájának kombinált elemzése. Systematic Biology 49: 515-538

Goldman, N., J. P. Anderson és A. G. Rodrigo. (2000) Topológiák valószínűség-alapú tesztjei a filogenetikában. Systematic Biology 49: 652-670

Goloboff P. (1991) Homoplazia és a választás a kladogramok között. Kladisztika 7: 215-232

Grandcolas, P., P.-L. Deleporte, L. Desutter-Grandcolas, C. Daugeron. (2001) Filogenetika és ökológia: A lehető legtöbb karaktert kell bevonni a kladisztikus elemzésbe. Cladistics 17: 104-110

Graham LE, Delwiche CF és Mishler BD. (1991) Filogenetikai kapcsolatok a "zöld algák" és a "bryophyták" között. Fejlődések a Bryology 4: 213-244

Grant, T és A. G. Kluge. (2003) Adatfeltárás filogenetikai következtetésben: tudományos, heurisztikus vagy egyik sem. Kladisztika: 19: 379-418

Huelsenbeck, J. P. (1991) Fa-length eloszlás ferdesége: filogenetikai információ indikátora. Systematic Zoology 40: 257-270

Huelsenbeck, J. P. (1995) Filogenetikai módszerek teljesítménye a szimulációban. Systematic Biology 44: 17-48

Huelsenbeck, J. P. és J. J. Bull. (1996) Egy valószínűségi arány teszt az ellentmondó filogenetikai jel kimutatására. Systematic Biology 45: 92-98

* Huelsenbeck, J. P., J. J. Bull és C. W. Cunningham. (1996) Adatok kombinálása a filogenetikai elemzésben. Trends Ecol. Evolúció 11: 152-158

Joy, T. és J. E. Conn. (2001) Csendes -óceáni fekete legyek szigetes sugárzásának molekuláris és morfológiai filogenetikai elemzése. Systematic Biology 50: 18-38

Kallersjo M, Farris JS, Kluge AG és Bult C. (1992) Skewness and permutation. Cladistics 8: 275-287

Kennedy, Martyn Holland, Barbara R. Gray, Russell D. és mások. (2005) Hosszú ágak kibontása: Az egymásnak ellentmondó filogenetikai jelek azonosítása spektrális elemzés, szomszéd-háló és konszenzusos hálózatok segítségével. Systematic Biology 54: 620-633

Kjer, K. M., R. J. Blahnik és R. W. Holzenthal. (2001) Phylogeny fo Trichoptera (caddisflies): jel és zaj jellemzése több adathalmazon belül. Systematic Biology 50: 758-780

Klassen GJ, Mooi RD és Locke A. (1991) Konzisztenciaindexek és véletlenszerű adatok. Systematic Zoology 40: 446-457

Kluge A. J. (1989) Aggodalom a bizonyítékok és a filogenetikai hipotézis között az Epikratész (Boidae, Serpentes) kapcsolatok tekintetében. Systematic Zoology 38: 39654

Kress, W. J., L. M. Price, W. J. Hahn és E. A. Zimmer. (2001) A Zingiberales családok evolúciós sugárzásának feltárása morfológiai és molekuláris bizonyítékok felhasználásával. Systematic Biology 50: 926-944

Lee, M. S. Y. (2000) A fa robusztussága és a klád jelentősége. Systematic Biology 49: 829-836

Levaseur, C. és F.-J. Lapointe. (2001) Háború és béke a filogenetikában: viszonválasz a teljes bizonyítékokra és konszenzusra. Systematic Biology 50: 881-891

McCracken, K. G., J. Harshman, D. A. McClellan és A. D. Afton. (1999) Az adathalmaz inkongruenciája és a korrelált karakterfejlődés: példa a funkcionális konvergenciára a merevfarkú búvárkacsák hátsó végtagjaiban. Systematic Biology 48: 683-714

McLennan, D. A. és M. Y. Mattern. (2001) A Gasterosteidae Phylogeny: A viselkedési és morfológiai adathalmazok kombinálása. Kladisztika 17: 11-27

Mishler BD, Donoghue MJ és Albert VA. (1991) A bomlási index, mint a kladogramon belüli relatív robusztusság mértéke [absztrakt]. Hennig X [A Willi Hennig Társaság éves találkozója], Toronto, Ontario.

Mishler, B. D., L. A. Lewis, M. A. Buchheim, K. S. Renzaglia, D. J. Garbary, C. F. Delwiche, F. W. Zechman, T. S. Kantz és R. L. Chapman. (1994) A "zöld algák" és a "briofiták" filogenetikai kapcsolatai. Ann. Mo. Bot. Gard. 81: 451-483

Miyamoto MM. (1985) Konszenzusos kladogramok és általános osztályozások. Kladisztika 1: 186-189

Miyamoto, M.M. és M. W. Fitch. (1995) Fajfilogenezis és filogenetikai módszerek tesztelése kongruenciával. Systematic Biology 41: 64-76

Mort, M. E., P. S. Soltis, D. E. Soltis és M. L. Mabry. (2000) Filogenetikus fák belső támogatottságának becslésére szolgáló módszerek összehasonlítása. Systematic Biology 49: 160-171

Nem, Sean. (2004) A kihalt találkozás a létezővel: egyszerű modellek a paleontológiában és a molekuláris filogenetikában. Paleobiology 30: 172-178

Penny, D. és M. D. Hendy. (1985) A fa-összehasonlítási metrikák használata. Systematic Zoology 34: 75-82

Poe S, Chubb AL. (2004) Madarak a bokorban: Öt gén jelzi a madárrendek robbanásszerű fejlődését. Evolution 58: 404-415

Quicke, D. L. J. és R. Belshaw. (1999) Inkongruencia a morfológiai adatsorok között: példa a parazita darazsak (Hymenoptera: Braconidae) endoparazitizmusának evolúciójából. Systematic Biology 48: 436-454

Rohlf, F. J. (1982) Konszenzusindexek az osztályozások összehasonlításához Mathematical Biosciences 59: 131-144

Sanderson MJ és Donoghue MJ (1989). Evolution 43: 1781-1795

** Sanderson, M. J. (1995) Kifogások a filogenezisek fokozásával szemben: kritika. Systematic Biology 44: 299-320

Sanderson, M. J. és M. Wojciechowski. (2000) Javított bootstrap megbízhatósági határok a nagy léptékű filogengiákban, a neo-astragalus (Leguminoseae) példájával. Systematic Biology 49: 671-685

Sharkey, M. J. és J. W. Leathers. (2001) A többség nem uralkodik: A baj a többségi szabály konszenzusfáival. Cladistics 17: 282-284

Sorensen MV, Sterrer W, Giribet G. (2006) A gnathostomulid filogenézis négy molekuláris lókusz és morfológia együttes megközelítéséből következtetett. Cladistics 22: 32-58

Steel, M., A. W. M. Dress és S. Bocker. (2000) A szuperfa és a konszenzusfa módszerek egyszerű, de alapvető korlátai. Systematic Biology 49: 363-368

Sullivan, J. és D. L. Swofford. (2001) Kell-e modellalapú módszereket alkalmaznunk a filogenetikai következtetésre, ha tudjuk, hogy megsértik a helysebesség-variációval és a nukleotid-szubsztitúciós mintával kapcsolatos feltételezéseket? Systematic Biology 50: 723-729

Summral, C. D., C. A. Brochu és J. W. Merck Jr. (2001) Globális labilitás, regionális felbontás és a többségi szabály konszenzusa. Paleobiology 27: 254-261

Swofford, D. L. (1991) Mikor vannak ellentmondásosak a molekuláris és morfológiai adatokból származó filogenetikai becslések? Pp. 295-333, M. M. Miyamoto &J. Cracraft (szerk.), A DNS -szekvenciák filogenetikai elemzése. Oxford University Press, New York.

Weiblen, G. D. (2001) A funkcionálisan kétlaki Ficust beporzó fügedarazsak filogenetikai kapcsolatai mitokondriális DNS-szekvenciák és morfológia alapján. Systematic Biology 50: 243-267

Wiens, J. J. és B. D. Hollingsworth. (2000) Az iguánák háborúja: egymásnak ellentmondó molekuláris és morfológiai filogengiák és hosszú ágú vonzalom iguanid gyíkokban. Systematic Biology 49: 143-159

Wilkinson, M. (1994) Gyakori kladisztikus információk és konszenzusos képviseletük: csökkentett Adams és csökkent kladisztikus fák és profilok. Systematic Biology 43: 343-368

Wilkinson, M. és J. L. Thorley. (2001) A szigorú konszenzusos fák hatékonysága. Systematic Biology 50: 610-612

Wilkinson, M., J. L. Thorley és P. Upchurch. (2000) Egy lánc nem erősebb a leggyengébb láncszeménél: a filogenetikai hipotézisek kettős bomlási elemzése. Systematic Biology 49: 754-776

Wood, S.W. (1994) Monofília és fák összehasonlítása. Cladistics 10: 339-346

Yolder, A. D., J. A. Irwin és B. A. Payseur. (2001) Az ILD kudarca az adatok kombinálhatóságának meghatározásában a lassú loris filogenezisre vonatkozóan. Systematic Biology 50: 408-424

Zandler, R. H. (2001) A belső cladogram ágak rekonstrukciós mértékének feltételes valószínűsége. Systematic Biology 50: 425-437

Arnold, M. L., C. M. Buckner és J. J. Robinson. (1991) Pollen által közvetített introgresszió és hibrid fajlagosodás Louisiana íriszekben. PNAS 88: 1398-1402

Arnold, M. L., J. J. Robinson, C. M. Buckner és B. D. Bennet. (1992) Pollen diszperzió és interspecifikus génáramlás Louisiana íriszekben. Öröklődés 68: 399-404

Avise, J. C. (1989) Génfák és szervezettörténetek: a populációbiológia filogenetikai megközelítése. Evolution 43: 1192-1208

Avise, J. C. és R. M. Ball. (1990) A geneológiai konkordancia elvei a fajfogalmakban és a biológiai taxonómiában. Oxford Surveys in Evolutionary Biology 7: 45-67

* Baum, D. (1992) Phylogenetic species concepts. Az ökológia és az evolúció tendenciái 7: 1-2

Baum, D. A. és K. L. Shaw. (1995) Genealógiai perspektívák a fajproblémáról. 289-303. Oldal: A növényi bioszisztematika kísérleti és molekuláris megközelítései. Monographs in systematics, 53. kötet (P. C. Hoch és A. G., Stevenson, szerk.). Missouri Botanikus Kert, St, Louis.

Carstens BC, Brunsfeld SJ, Demboski JR, et al. (2005) A csendes -óceáni északnyugati mesikus erdei ökoszisztéma evolúciós történetének vizsgálata: Hipotézis tesztelés összehasonlító filográfiai keretek között. Evolution 59: 1639-1652

Crandall, K. A. (1994) Intraspecifikus kladogram becslés: pontosság magasabb eltérési szinteken. Systematic Biology 43: 222-235

Doyle, J. J. (1992) Génfák és fajfák: Molecular systematics as one-character taxomony. Systematic Botany 17: 144-163

Funk, V. A. (1985) Filogenetikai minták és hibridizáció Ann. Missouri Bot. Gard. 72: 681-715

Gadgil és L. L. Cavalli-Sforza. (1995) India demográfiai története és az mtDNS szekvencia sokszínűsége. Am. J. Hum. Közönséges petymeg. 56: 979-992

Goodman, M., J. Czelusniak, G. W. Moore, A. E. Romero-Herrera és G. Matsuda. (1979) A génvonalat illesztve faji származásába, a globin szekvenciákból felépített kladogramokkal illusztrált, parsimoni stratégiát. Systematic Zoology 28: 132-163

Heads M. (2005) Társkereső csomópontok a molekuláris filogengiákról: a molekuláris biogeográfia kritikája. Cladistics 21: 62-78

Heiser, C. B. (1973) Az introgresszió újra megvizsgálva. Bot. Rev. 39: 347-366

* Hudson, R. R. (1991) Gén genealogies and the coalescent process. Oxford Surveys in Evolutionary Biology 7: 1-44

Hudson, R. R., M. Slatkin és W. P. Maddison. (1992) A génáramlás szintjének becslése DNS-szekvencia adatokból. Genetics 132: 583-589

James JK, Abbott RJ. (2005) Újabb, allopatrikus, homoploid hibrid faj: A Senecio squalidus (Asteraceae) eredete a Brit-szigeteken a szicíliai Etna hibrid zónájából. Evolution 59: 2533-2547

Kidwell, M. G. (1993) Oldalsó transzfer az eukarióták természetes populációiban. Annu. Rev. Genet. 27 235-256

Maddison, W. P. (1997) Génfák fajfákban. Systematic Biology 46: 523-536

Mason-Gamer, Roberta J. (2004) Retikulálja az evolúciót, az introgressziót és a törzsközi gének elfogását egy allohexaploid fűben. Systematic Biology 53: 25-37

McDade, L. (1990) Hibridek és filogenetikai szisztematika. I. A karakterkifejezés mintái hibridekben és azok hatása a kladisztikai elemzésre. Evolution 44: 1685-1700

** McDade, L. A. (1992) Hibridek és filogenetikai szisztematika II. A hibridek hatása a kladisztikus elemzésre. Evolution 46: 1329-1346

McDade, L. A. (1995) Hibridizáció és filogenetika. in kísérleti és molekuláris megközelítések a növényi bioszisztematikában (Hoch, P. C. és A. G. Stephenson, szerk. Missouri Botanical Garden, St. Louis.

McDade, L A. (1997) Hibridek és filogenetikai szisztematika III. Összehasonlítás távolsági módszerekkel. Systematic Botany 22: 669-683

Mountain, J. L., J. M. Hebert, S. Bhattacharyya, P. A. Underhill, C. Ottolenghi, M. Nason, J. D., N. C. Ellstrand és M. I. Arnold. (1992) A hibridizáció és az introgresszió mintái a tölgyek, manzaniták és íriszek populációiban. Am. J. Bot. 79: 101-111

Nieto, F.G., A.J. Fuertes és J.A. Rossello. (2001) A kiterjedt hálózatosodás és az összehangolt evolúció eredményezhet-e kladisztikusan strukturált mmolmolekuláris adatsort? Cladistics 17: 301-312

Ree RH. (2005) A kulcsfontosságú innovációk történeti aláírásának kimutatása a karakterfejlődés és kladogenezis sztochasztikus modelljei segítségével. Evolution 59: 257-265

Rieseberg, L. H. (1991) Homoploid reticulate evolution in Helianthus (Asteraceae): bizonyítékok riboszomális génekből. Amer. J. Bot 78: 1218-1237

Rieseberg, L. H., R. Carter és S. Zona. (1990) Két diploid Helianthus faj (Asteraceae) feltételezett hibrid eredetének molekuláris tesztjei. Evolution 44: 1498-1511

Schlefer, E. K., M. A. Romano, S. I. Guttman és S. B. Ruth. (1986) Húsz éves hibridizáció hatásai egy zavart élőhelyen a Hyla cinerea -ra és a Hyla gratiosa -ra. J. of Herpetology 20: 210-221

Skala, Z. és Zrzavy J. (1994) Filogenetikai retikulációk és kladisztika - módszertani fogalmak tárgyalása. Cladistics 10: 305-313

Slatkin, M. és W. Maddison. (1989) Az allélok filogengiájából következtetett génáramlás kladisztikus mértéke. Genetics 123, 603-613

Slatkin, M. és W. Maddison. (1990) Az izoláció távoli kimutatása gének filogengiája segítségével. Genetics 126: 249-260

Vrana, P. és W. Wheeler. (1992) Egyedi organizmusok mint végső entitások: a faji probléma megoldása. Cladistics 8: 67-72

Wagner, W. H. (1983) Retikulisztika: a hibridek felismerése és szerepük a kladisztikában és osztályozásban. 63-79. oldal, Advances in Cladistics, 2. kötet (Platnick, N. I. és V. A. Funk, szerk.) Columbia University Press, New York.

Williams ST, Reid DG. (2004) Speciáció és diverzitás a trópusi sziklás partokon: Az Echinolittorina nemzetség csigáinak globális törzsfejlődése. Evolution 58: 2227-2251

Woodruff, D. S. és S. J. Gould. (1987) Ötven év interspecifikus hibridizáció: genetika és morfometria egy ellenőrzött kísérletben, a Cerion szárazföldi csigán, Florida Keysben. Evolution 41: 1022-1043

Adams, D.C. és M.S. Rosenberg (1998) Részleges vetemedések, filogenézia és ontogenia: Egy megjegyzés Finkről és Zelditchről (1995). Systematic Biology 47: 168-173

Arnold, E. N (1990) Miért különböznek a morfológiai filogengiák minőségétől? Vizsgálat a gyík kládok összehasonlító történetén alapul. Proceedings of the Royal Society of London B 240: 135-172

Bang, R., R. DeSalle és W. Wheeler (2000) Transzformalizmus, taxizmus és fejlett biológia a szisztematikában. Szisztematikus biológia 49:

Baker, R. H. és Wilkinson, G. S. (2001) A világi dimorfizmus és a szemhéj allometria filogenetikai elemzése szárszemű legyekben (Diopsidae). Evolution 55: 1373-1385

Bookstein, F. L. (1982) A morfometria alapjai. Annual Review of Ecology and Systematics 13: 451-470

Bookstein, F. L. (1991) Morphometric Tools for Landmark Data. Cambridge University Press.

Bookstein, F.L. (1998) Száz év morfometriája. Acta Zoologica 44: 7-59

Bookstein, F., B. Chernoff, R. Elder, J. Humphries, G. Smith és R. Strauss. (1985) Morfometria az evolúciós biológiában. Spec. Kocsma. 15 Acad. Nat. Sci. Philadelphia.

Briggs, Derek E. G. Fortey, Richard A. (2005) Csodálatos viszály: szisztematika, törzscsoportok és a kambriumi sugárzás filogenetikai jele. Paleobiology 31: 94-112

Collazo, A. (2000) Fejlődési változatosság, homológia és a garat stádiuma. Systematic Biology 49: 3-18

Davis, J. I. (1983) Fenotípusos plaszticitás és a taxonómiai karakterek kiválasztása Puccinellia -ban (Poaceae). Szisztematikus botanika 8: 341-353

Donoghue, M. J., J. A. Doyle, J. Gauthier, A. Kluge és T. Rowe. (1989) A kövületek jelentősége a filogenetikai rekonstrukcióban. Annu. Rev. Ecol. Syst. 20: 431-460

Duarte, L. C., L. R. Monteiro, F. J. Von Zuben, S. F. Dos Reis. (2000) Változás a mandibula alakjában Thrichomys apereoides -ban (Mammalia: Rodentia): egy komplex morfológiai szerkezet geometriai morfometriai elemzése. Systematic Biology 49: 563-578

Finarelli, John A. Clyde, William C. (2004) A hominoid filogenézia újraértékelése: a morfológiai és időbeli adatok kongruenciájának értékelése. Paleobiology 30, 614-651

Fink, W. L. (1988) Filogenetikai elemzés és az ontogenetikai minták kimutatása. 71-91. oldal, M. L. McKinney (szerk.) Heterochrony in Evolution. Plenum Press, New York.

Fink, W.L. és M.L. Zelditch. (1995) Az ontogenetikus alakváltozások filogenetikai elemzése: a Piranha nemzetség Pygocentrus (Teleostei) újraértékelése. Systematic Biology 44: 343-360

Fisher, D.C. (1985) Evolúciós morfológia: az analógián, az anekdotán és az eseten túl. Paleobiology 11: 120-138

Gaubert, Philippe Wozencraft, W. Chris Cordeiro-Estrela, Pedro és mtsai. (2005) Mozgások a konvergenciákból és a zajból a morfológiai filogengiákban: Mi van a viverrid-szerű ragadozóban? Systematic Biology 54: 865-894

Gauthier, J., A. Kluge és T. Rowe. (1988) Amniote filogenetika és a kövületek jelentősége. Kladisztika 4: 105-209

Gibson GD, Gibson AJF. (1900) Heterochrony and the poecilogony: Lárvák sokféleségének generálása Evolution 58: 2704-2717

Guralnick, R. P. és D. R. Lindberg. (1999) Fejlődési evolúciós minták és mechanizmusok integrálása: Esettanulmány gastropod radula használatával. Evolúció 53:

Guralnick, R. P. és D. R. Lindberg. (2001) Sejt- és állatvonalak újra összekapcsolása: mit mondanak nekünk a sejtvonalak a spirálok fejlődéséről és fejlődéséről? Evolution 55: 1501-1519

Hickman, C.S. (1980): Gastropod radulae és a forma értékelése az evolúciós paleontológiában. Paleobiológia 6, 276-294:

Humphries, C. J. (1988): Ontogeny and systematics. Columbia University Press, New York.

Klingenberg, C. P. és L. J. Leamy. (2001) Az egér mandibula geometriai alakjának kvantitatív genetikája. Evolution 55: 2342-2352

Kluge, A. G. és R. E. Strauss. (1985) Ontogenetika és szisztematika. Ökológia és szisztematika éves áttekintése 16: 247-268

Kluge, A. J. (1989) Aggodalom a bizonyítékok és a filogenetikai hipotézis között az Epikratész (Boidae, Serpentes) kapcsolatok tekintetében. Systematic Zoology 38: 7-25

Lauder, G. V. (1990) Funkcionális morfológia és szisztematika: a funkcionális minták tanulmányozása történelmi kontextusban. Ökológia és szisztematika éves áttekintése 21: 317-340

Mabee, P. M. (1989): Ontogenetikai szekvenciák használatának alapjául szolgáló feltételezések a karakterállapot-sorrend meghatározásához. Trans. Amer. Hal. Soc. 118: 159-166

Mabee, P. M., K. L. Olmstead és C. C. Cubbage. (2000) Kísérleti tanulmány a halak intrspecifikus variációjáról, fejlődési időzítéséről és heterokroniájáról. Evolution 54: 2091-2106

MacLeod, N. (1999) Az alaktér-vizualizációs és -elemzési sajátalakú módszer általánosítása és kiterjesztése. Paleobiology 25: 107-138

Magwene, P. M.(2001) Ontogenetikai pályák összehasonlítása növekedési folyamat adatainak felhasználásával. Systematic Biology 50: 640-666

McDade, L. (1990) Hibridek és filogenetikai szisztematika. I. Karakterexpressziós mintázatok hibridekben és azok hatása a kladisztikai elemzésre. Evolution 44: 1685-1700

Mead, A. J. (2000) Szexuális dimorfizmus és paleoökológia Telocerasban, egy észak -amerikai miocén orrszarvúban. Paleobiology 26: 689-706

Muller, M. és Q. C. B. Cronk. (2001) Egy morfolgógiai újdonság evolúciója: a Streptocarpus (Geseneriaceae) növekedési mintáinak filogenetikai elemzése. Evolution 55: 918-929

Monteiro, L. R. (1999) Többváltozós regressziós modellek és geometriai morfometria: az ok -okozati tényezők keresése az alak elemzésében. Systematic Biology 48: 192-199

Monteiro, L. R. (2000) Miért különleges a morfometria: az a probléma, hogy részleges vetemedéseket használunk a filogenetikai következtetéshez. Systematic Biology 49: 796-799

Nijhout, H. F. (1990) Metaforák és a gének szerepe a fejlődésben BioEssays 12: 441-446

O'Keefe, F. R., O. Rieppel és P. M. Sander. (1999) Alak disasszociációja és kikövetkeztetett heterokrónia a pachypleurosauruszok (Reptilia, Sauropterygia) kládjában. Paleobiology 25: 504-517

Raup, D.M. (1972) A morfológiai elemzés megközelítései. Schopfban T.J.M. (szerk.), Modellek a morfológiai elemzéshez. Schopfban T.J.M. (szerk.), Models in Paleobiology, 28044. Freeman, Cooper, San Francisco.

Renaud, S., M. Benammi és J.-J .. Jaeger. (1999) Az egérrágcsáló Paraethomys morfológiai evolúciója válaszul a klímaváltozásokra (Észak-Afrika mio-liocénje). Paleobiology 25: 369-382

** Rohlf, F. J. (1990) Morphometrics. Annual Review of Ecology and Systematics 21: 29-316

Rohlf, F. J., A. Loy A és M. Corti. (1996) A régi világ talpidae (Mammalia, Insectivora) morfometriai elemzése részleges vetemedési pontszámok felhasználásával. Systematic Biology 45: 344-362

Rohlf, F.J. (1998): A geometriai morfometria alkalmazásai az ontogenetika és a filogenetika tanulmányozására. Systematic Biology 47: 147-158

Rohlf, F. J. (2001) Összehasonlító módszerek a folytonos változók elemzésére: geometriai értelmezések. Evolution 55: 2143-2160

Roth-Nebelsick, A., G. Grimm, V. Mosbrugger, H. Hass és H. Kerp. (2000) Rhynia és Asteroxylon morfometriai elemzése: a szárazföldi növények korai fejlődésének funkcionális aspektusainak tesztelése. Paleobiology 26: 405-418

Samadi, S., P. David és P. Jarne. (2000) A Melanoides tuberculata klóncsiga héjalakjának változása és következményei a fosszilis sorozatok értelmezésére. Evolution 54: 492-502

Slice, D. E. (2001) A prokrustes elemzéssel összehangolt mérföldkő -koordináták nem Kendall alakterében rejlenek. Systematic Biology 50: 141-149

Smith, E. N. és R. L. Gutberlet. (2001) Általános frekvenciakódolás: módszer polimorf többlépcsős karakterek előállítására filogenetikai elemzéshez. Systematic Biology 50: 159-169

Smith, Nathan D., Turner, Alan H. (2005) Morphology's role in phylogeny rekonstruction: Perspectives from paleontology. Systematic Biology 54: 166-173

Strauss, R. E. és F. L. Bookstein. (1982) A rácsos: Testforma-rekonstrukciók a morfometriában. Systematic Zoology 31: 113-135

Sultan, S. E. (1987) A növények fenotípusos plaszticitásának evolúciós következményei. Evolutionary Biology 21: 127-178

Swiderski, D.L. és M.L. Zelditch. (1998) Miért nem különleges a morfometria: Kvantitatív adatok kódolása filogenetikai elemzéshez. Systematic Biology 47: 508-519

Thompson, D'A. W. (1942) A növekedésről és a formáról (Complete Revised Edition, 1992: az 1942 -es kiadás rövidített és változatlan másolata, papírkötés). Dover.

Walker, J. A. (2000) Geometriai morfometriai módszerek képessége egy ismert kovariancia mátrix becslésére Systematic Biology 49: 686-696

Wake, D.B. (1983) Funkcionális és evolúciós morfológia. 25. évforduló. A biológia és az orvostudomány perspektíváinak kérdése.

Webster, Mark Zelditch, Miriam Leah (2005) Az ontogenetika evolúciós módosításai: heterokrónia és azon túl. Paleobiology 31, 354-372

Wiley, E. O. (1981) Filogenetika: a filogenetikai szisztematika elmélete és gyakorlata. John Wiley and Sons, New York.

* Wiens, J. J. (2000) Morfológiai adatok filogenetikai elemzése. Smithsonian Institution Press, Washington D.C.

Wiens, J. J. (2001) Karakterelemzés a morfológiai filogenetikában: problémák és lelkek. Systematic Biology 50: 689-699

Wiens, John J. Bonett, Ronald M. Chippindale, Paul T. (2005) Az ontogeny discombobulates phylogeny: Paedomorphosis and high-level salamander relations. Systematic Biology 54: 91-110

Wiens, John J. (2004) A morfológiai adatok szerepe a filogenézia rekonstrukciójában. Systematic Biology 53: 653-661

Young NM, Hallgrimsson B. (2005) Soros homológia és az emlősök végtagjai kovariációs szerkezetének alakulása. Evolution 59: 2691-2704

** Zelditch, M.L., W.L. Fink és D.L. Swiderski. (1995) Morfometria, homológia és filogenetika: számszerűsített karakterek szinapomorfiák. Systematic Biology 44: 179-189

Zelditch, M. L. és W. L. Fink. (1996) Heterokrónia és heterotópia: stabilitás és innováció a forma evolúciójában. Paleobiology 22: 241-254

Zelditch, M.L., W.L. Fink, D.L. Swiderski és B.L. Lundrigan. (1998) A geometriai morfometria alkalmazásairól az ontogenezis és a filogenézis tanulmányaira: Válasz Rohlfnak. Systematic Biology 47: 159-167

Zelditch, M. L. és W. L. Fink. (1998) Részleges vetemedések, filogénia és ontogenia: Válasz Adamsnek és Rosenbergnek. Systematic Biology 47: 345-348

Zelditch, M. L., H. D. Sheets és W. L. Fink. (2000) A növekedési ütemek térbeli és időbeli átszervezése az ontogenezis evolúciójában. Evolution 54: 1363-1371

Alroy, J. (1995) Folyamatos nyomelemzés: új filogenetikai és biogeográfiai módszer. Systematic Biology 44: 152-178

Avise, J. C., J. Arnold, R. M. Ball, E. Bermingham, T. Lamb, J. E. Neigel, C. A. Reeb és N. C. Saunders. (1987) Fajon belüli filogenetika: a mitokondriális DNS -híd a populációgenetika és a szisztematika között. Ökológia és szisztematika éves áttekintése 18: 489-522

Baldwin, B. G., D. W. Kyhos és J. Dvorak. (1990) A kloroplasztisz DNS evolúciója és az adaptív sugárzás a hawaii ezüstszavas szövetségben (Asteraceae-Madiinae). Ann. Mo. Bot. Gard. 77: 96-109

Baldwin, B. G. és R. H. Robichaux. (1995) A hawaii ezüstkardos szövetség (Asteraceae) történeti biogeográfiája és ökológiája: Új molekuláris filogenetikai perspektívák.Pp. 259-287 In Wagner, W. L. és V. Funk (szerk.) Hawaii Biogeography, evolution on a Hot Spot Archipelago. Smithsonian Institution Press, Washington.

Baldwin, B. G. és Sanderson, M. J. (1998) A hawaii ezüstszavas szövetség (Compositae) kora és gyakorisága. PNAS 95: 9402-9406

Ball, I.R. (1976) A biogeográfiai hipotézisek jellege és megfogalmazása. Systematic Zoology 24: 407-430

** Brooks, D. R. és D. McLennan. (1991) Phylogeny, Ecology, and Behaviour. University of Chicago Press. Pp. 206-248

* Brooks, D. R. (1990) Parsimony analyisis in history biogeography and coevolution: Methodological and theoretical update. Szisztematikus állattan 39: 14-30

Carpenter, J M. (1996) Phylogeny and biogeography of Polistes. Pp. 18-57, Turillazzi, S. and M. J. West-Eberhard (szerk.). A papírdarazsak természetrajza és evolúciója Proceedings of the International Workshop, Castiglioncello, Olaszország, 1993. október 4-7. Oxford University Press:

Coscaron, M D. C. Morrone, J J. (1997) A Melanolestes Stal (Heteroptera: Reduviidae) orgyilkos poloska nemzetség kladisztikája és biogeográfiája. Proceedings of the Entomological Society of Washington 99: 55-59

Cracraft, J. (1995) Cladistic analysis and vicariance biogeography. 104-112. oldal, Slatkin, M. (szerk.). Az evolúciós biológia feltárása: American Scientist olvasmányai. Sinauer Associates, Inc.: Sunderland, Massachusetts, USA.

De Meyer, M. (1996) A Hawaii Pipunculidae (Diptera) kladisztikus és biogeográfiai elemzéseit újra megnéztük. Cladistics 12: 291-303

Emerson, B C Wallis, G P Patrick, B H. (1997) Biogeographic area relations in South New Zealand: A Lepidoptera eloszlások kladisztikus elemzése. Journal of Biogeography 24: 89-99

Enghoff, H. (1995) A Holarctic történeti biogeográfiája: Területi kapcsolatok, ősi területek és nem tengeri állatok elterjedése. Cladistics 11: 223-263

Evans, B. J. Morales, J. C. Picker, M. D. Kelley, D. B. Melnick, D. J. (1997) Két Xenopus faj, a X. gilli és X. laevis összehasonlító molekuláris filogeográfiája Dél-Afrika délnyugati Cape tartományában. Molecular Ecology 6: 333-343

Grant, P. R. (1998) Sugárzás, közösségek és biogeográfia. Pp. 196-209. P. R. Grant, szerk. Evolúció a szigeteken. Oxford University Press, Oxford.

Gray, J. és A.J. Boucot (szerk. (1979) Historical Biogeography, Plate Tectonics, and the Changing Environment, Oregon State University Press, Corvallis, Oregon).

Kluge, A. G. (1988) Parsimony in vicariance biogeography: a kvantitatív módszer és egy nagyobb antilláki példa. Systematic Zoology 37: 315-328

Linder, H. P. Crisp, M. D. (1995) Nothofagus and Pacific biogeography. Kladisztika 11: 5-32

Lydeard, C. M.C. Wooten és A. Meyer. (1995) Molekulák, morfológia és területi kladeogramok: Gambusia kladisztikus és biogeográfiai elemzése (Teleostei: Poecilliiae) Systematic Biology 44: 221-236

Morrone J.J. és Carpenter, J. M. (1994) A kladisztikus biogeográfiához szükséges módszer keresése – a komponensanalízis, a Brooks parsimony elemzés és három területmeghatározás összehasonlítása. Kladisztika 10: 99-153

Nelson, G. (1985) Egy évtized kihívás a biogeográfia jövője Földtörténet 4: 187-196

Nelson, G. és N. Platnick. (1981) Szisztematika és biogeográfia, kladisztika és vikariancia. Columbia Univ. Sajtó, New York.

Nelson, G. és Rosen, D. E. (1981) Vicariance biogeográfia: kritika. ColumbiaUniversity Press, New York.

Nelson, G and Ladiges, P. Y. (1996) Paralogy in cladistic biogeography and analysis of paralogy free subtrees. American Museum Novitates 3167: 1-58

Page, R. D. M. (1989) Megjegyzések a komponens-kompatibilitásról a történelmi biogeográfiában. Kladisztika 5: 167-182

Page, R. D. M. (1994) Fák közötti térképek és gének, organizmusok és területek közötti történelmi asszociációk kladisztikus elemzése. Systematic Biology 43: 58-77

Page, R.D.M. (1994) Párhuzamos filogeniák - a gazda-parazita együttesek történetének rekonstruálása. Kladisztika 10: 155-173

Pielou, E. C. (1979): Biogeography. John Wiley és a Sons New York.

Rosen, D. E. (1975) A karibi biogeográfia vikárius modellje. Systematic Zoology 24: 431-464

Rosen, D. E. (1978) Vikariáns minták és történelmi magyarázat a biogeográfiában. Systematic Zoology 27: 159-188

Rosen, D. E. (1979) Guatemala felvidéki és intermontán medencéjének halai: revíziós tanulmányok és összehasonlító földrajz. Bika. Amer. Mus. Nat. Hist. 162: 267-376

** Sanmartin, I. Ronquist, F. (2002) Új megoldások régi problémákra: Széles körben elterjedt taxonok, redundáns eloszlások és hiányzó területek az eseményalapú biogeográfiában. Az Animal Biodiversity and Conservation 25:75-93

Siddall, M E. (1996) Phylogenetic covariance probability: Confidence and History Associations. Systematic Biology 45: 48-66

Springer, V. G. (1982) Pacific plate biogeography, különös tekintettel a parthalakra. Systematic Biology 45: 1-167

Swenson, U. és K. Bremer. (1997) Pacific Biogeography of the Asteraceae genus Abrotanella (Senecioneae, Belnnospermatinae). Systematic Botany 22: 493-508

** van Veller, Marco G. P. Brooks, D. R. Zandee, M. (2003) Kladisztikus és filogenetikus biogeográfia: A felfedezés művészete és tudománya. Journal of Biogeography 30: 319-329

Vermeij, G. J. (1978) Biogeográfia és adaptáció. Harvard University Press Cambridge.

Wagner, W. L. és V. A. Funk (1995): Hawaii biogeography: Evolution on a hot spot archipelago. Smithsonian Institution Press: Washington, DC.

Weston, P. H. Crisp, M D. (1994) A waraták (Proteaceae: Embothrieae) és szövetségeseik kladisztikus biogeográfiája a Csendes -óceánon túl. Ausztrál szisztematikus botanika 7: 225-249

Wiley, E. O. (1981) Filogenetika: a filogenetikai szisztematika elmélete és gyakorlata. John Wiley and Sons, New York.

Alroy, J. (2000) A trendek dinamikájának megértése a fejlődő vonalakon belül. Paleobiology 26: 319-329

Brooks, D. R. és D. A. McLennan. (1993) Adaptív sugárzások összehasonlító vizsgálata parazita laposférgek (Platyhelminthes, Cercomeria) alkalmazásával. Am. Nat. 142, 755-778

Charlesworth, B., R. Lande és M. Slatkin. (1982) Egy neodarwinista kommentár a makroevolúcióról. Evolution 36: 474-498

Elbe, G. J. (2000) Ellentétes evolúciós rugalmasság testvércsoportokban: különbségek és sokféleség a mezozoikus atelosztomát echinoidokban. Paleobiology 26: 56-79

Gilinsky, N.L. és I.J. Jó. (1991) Tengeri gerinctelen családok keletkezésének, fennmaradásának és kihalásának valószínűsége. Paleobiology 17: 145-66

Gould, S. J. és N. Eldredge. (1977) Punktuált egyensúlyok: az evolúció üteme és módja átgondolt. Paleobiology 3: 115-151

Gould, S. J., N. L. Gilinsky és R.Z. German (1987) Aszimmetria és az evolúciós idő iránya. Science 236: 1437-1441

Gould, S.J. (1991) A Burgess Shale ízeltlábú fauna eltérései és a kladisztikai elemzés határai: miért kell törekednünk a morfotér számszerűsítésére. Paleobiology 17: 411-23

Hey, J. (1992) Filogenetikai fák használata a speciáció és a kihalás tanulmányozására. Evolution 46: 627-640

Jablonski, D., J.J. Sepkoski, Jr., D.J. Bottjer és P.M. Sheehan. (1983) Onshore-offshore minták a fanerozoikum polcközösségeinek fejlődésében. Science 222: 1123-1125

Jablonski, D. (1986) Háttér és tömeges kihalás: a makroevolúciós rendszerek váltakozása. Science 231: 129-133

Jablonski, D. (1987) Örökölhetőség fajszinten: A kréta puhatestűek földrajzi kiterjedésének elemzése. Science 238: 360-363

Jablonski, D. (2000) Mikro- és makroevolúció: skála és heirarchia az evolúciós biológiában és a paleobiológiában. Paleobiológia 26: 15-52

Jeffery, C. H. (2001) Szív sünök a kréta/harmadidőszak határán: mese két kládról. Paleobiology 27: 104-125

Kubo, T. és I. Y. (1995): Az elágazás és a kihalás rátáinak következtetése molekuláris filogeniákból. Evolution 49: 694-704

** Lemen, C.A. és P.W. Freeman. (1989) Makroevolúciós hipotézisek tesztelése kladisztikus elemzéssel: bizonyíték a téglalap alakú evolúció ellen. Evolution 43: 1538-1554

Levington, J. S. és C. M. Simon. (1980) A pontozott egyensúlyi modell kritikája és az őskövületben szereplő fajok kimutatásának következményei. Systematic Zoology 29: 130-142

McShea, D. W. (2000) Trendek, eszközök és terminológia. Paleobiology 26: 330-333

** Mindell, D. P., J. W. Sites Jr. és D. Graur. (1989) Specifikációs evolúció: Filogenetikai teszt allozimekkel Sceloporusban (Reptilia). Kladisztika 5: 49-61

Norris, R. D. (1991) Elfogult kihalás és evolúciós tendenciák. Paleobiology 17: 388-99

Norris, R. D. (2000) Pelagikus fajok sokfélesége, biogeográfia és evolúció. Paleobiology 26: 236-258

Patterson, C. és A.B. Smith (1987) A kihalások időszakossága taxonómiai műtárgy? Nature 330: 248-252 és válaszol Sepkoski

Raup, D.M. és J.J. Sepkoski (1986) A családok és nemzetségek időszakos kihalása. Tudomány. 231, 833-836

Robeck, H. E., C. C. Maley és M. J. Donoghue. (2000) Taxonómia és időbeli sokszínűségi minták. Paleobiology 26: 171-187

Rohde, K. (1996) Robusztus filogengiák és adaptív sugárzások: a kulcsfontosságú innovációk azonosítására használt módszerek kritikus értékelése. Am. Nat. 148: 481-500

Roopnarine, P. D., G. Byars és P. Fitzgerald. (1999) Anagenetikus evolúció, stratofenetikai minták és véletlenszerű járási modellek. Paleobiology 25: 41-57

Schopf, T. M. J. (1981) Punctuated equilibria and evolutionary stasis. Paleobiology 7: 156-166

Shubin, N. H. és C. R. Marshall. (2000) Fosszíliák, gének és az újdonság eredete. Paleobiology 26, 324-340

Smith, A.B. & C. Patterson. (1988) A taxonómiai módszer hatása az evolúciós minták észlelésére. Evolúciós biológia 23: 127-216

Smith, A. B. (1994): Systematics and the fossil record: documenting evolutionary patterns. Blackwell Scientific Publications, Oxford.

Smith, L. H. és B. S. Lieberman. (1999) Különbség és kényszer az olenelloid trilobitákban és a kambriumi kiütések. Paleobiology 25: 459-470

Stanley, S. M. (1982) Makroevolúció és a fosszilis feljegyzések. Evolution 36: 460-473

Stidd, B. M. (1985) Tévednek az írásjelek a modern szintézissel kapcsolatban? Phil. Sci. 52, 98-109

Van Valen, L.M. és V.C. Maiorana. (1985) Eredeti minták. Evol. 7. elmélet: 107-125

Vrba, E.S. (1980) Evolúció, fajok és kövületek: hogyan fejlődik az élet? S. Afr. J. Sci. 76: 61-84

Wagner, P. J. (1995) A kladisztikai hipotézisek stratigráfiai tesztjei. Paleobiology 21: 153-178

Wagner, P. J. (1995) Sokszínűségi minták a korai gastropdák között: ellentétes taxonómiai és filogenetikai leírások. Paloebiology 21: 410-439

Wagner, P. J. (1996) A morfológiai evolúció aktív trendjeinek alapmintáinak ellentéte. Evolution 50: 990-1007

Wagner, P. J. (2000) A fosszilis taxonok morfológiai karakterállapotainak kimerülése. Evolution 54: 365-386

Williamson, P. G. (1981) A fajta paleontológiai dokumentációja a Turkana -medencei cenozoikus puhatestűekben. Nature 293: 437-443

Brooks, D. R. és D. McLennan. (1991) Phylogeny, Ecology, and Behavior. University of Chicago Press.

Burt, A. (1989) Összehasonlító módszerek filogenetikailag független ellentétek alkalmazásával. Oxford Surveys in Evolutionary Biology 6: 33-53

Cheverud, J. és M. Dow. (1985) Autokorrelációs elemzés a lineáris hasadás hatásáról a társadalmi csoportok közötti genetikai variációra. Amer. J. Phys. Anthropol. 67, 113-121

Cheverud, J. M., M. M. Dow és W. Leutenegger. (1985) A filogenetikai korlátok mennyiségi értékelése összehasonlító elemzésekben: Szexuális dimorfizmus a testsúlyban főemlősök körében. Evolution 39: 1335-1351

Cliff, A. D. és Ord, J. K. (1973): Spatial Autocorrelation. London: Pion.

Coddington, J. (1988) Az adaptációs hipotézisek kladisztikus tesztjei. Kladisztika 4: 3-22

de Queiroz, K.(1996) Beleértve a farekonstrukció során érdekes karaktereket, valamint a körkörösség és a torzítás problémáit a karakterevolúció tanulmányozásában. Am. Nat. 148: 700-708

Donoghue, M. J. (1989): Evolúciós szekvenciák filogeniái és elemzése, magnövényekből származó példákkal. Evolution 43: 1137-1156

Felsenstein, J. (1985) Phylogenies and the komparative method. Am. Nat. 125: 1-15

Funk, V.A. és D.R. Brooks. (1990) Filogenetikai szisztematika, mint az összehasonlító biológia alapja. Smithsonian Institution Press.

Harvey, P.H. és M. D. Pagel. (1991) Az összehasonlító módszer az evolúcióbiológiában. Oxford University Press.

Martins, E. P. (1996) Phylogenies, spatial autoregression, and the comparative method: A Computer Simulation Test. Evolution 50: 1750-1765

Martins, E. P. és Hansen, T. F. (1997) Phylogenies and the comparative method: A general approach to include phylogenetic information into the analysis of interspecific data. Am. Nat.

Miles, D. B. és A. E. Dunham. (1993) Történeti perspektívák az ökológiában és az evolúciós biológiában: filogenetikai összehasonlító elemzések alkalmazása. Annual Review of Ecology and Systematics 24: 587-619

Sillin-Tullberg, B. (1988) Evolution of gregariousness in aposematic butterfly larvae: a filogenetikai elemzés. Evolution 42: 293-305

Vogl, C. és G. P. Wagner. (1990) Interspecifikus variabilitás a véletlenszerűen fejlődő kládokban: modellek a kvantitatív tulajdonságok relatív evolúciós rugalmasságával kapcsolatos hipotézisek tesztelésére. Systematic Zoology 39: 109-123

*** Crozier, R. H., Dunnett, L. J. és Agapow, P. M. (2005) Filogenetikai biodiverzitás -értékelés szisztematikus nómenklatúra alapján. Evolúciós Bioinformatika Online 1: 11-36

Faith, D. P. (1992a) Természetvédelmi értékelés és filogenetikai sokféleség. Biológiai védelem 61: 1-10

Faith, D. P. (1992b) Szisztematika és megőrzés: a taxonok részhalmazainak jellemző diverzitásának előrejelzéséről. Cladistics 8: 361-373

** Forey, P. L., C. J. Humphries és P. H. Williams. (1994) Systematics and conservation assessment, Systematics Association Special Volume No. 50 Clarendon Press, Oxford.

Mishler, B.D. (1995) Növényrendszertan és természetvédelem: tudomány és társadalom. Madrono 42: 103-113

Moritz, C., J. L. Patton, C. J. Schneider és T. B. Smith. (2000) AZ ESŐERDŐ FAUNÁK DIVERZIFIKÁCIÓJA: Integrált molekuláris megközelítés Annu. Rev. Ecol. Syst. 31: 533-563

Polhemus, D. A. (1997) A Megalagrion (Odonata: Coenagrionidae) hawaii damselfly nemzetség filogenetikai elemzése: Hatások a biogeográfiára, az ökológiára és a természetvédelmi biológiára. Pacific Science 51: 395-412

Tyler, H. A., Brown, K. S., Jr. és Wilson, K. H. (1994) Swallowtail butterflies of the Americas: A tanulmány a biológiai dinamikáról, az ökológiai sokféleségről, a bioszisztematikáról és a természetvédelemről.

Vane-Wright, R. I., C. J. Humphries és P. H. Williams (1991) Mit kell védeni? - Szisztematika és a választás kínja. Biológiai védelem 55 235-254


Hivatkozások

Edwards, J. L. et al. Felnőtt haszonállatok klónozása: a szomatikus sejtek nukleáris transzferével kapcsolatos lehetőségek és problémák áttekintése. Am. J. Reprod. Immunol. 50, 113–123 (2003).

Bolker, J. Modell szervezetek: több van az életben, mint patkányok és legyek. Természet 491, 31–33 (2012).

Hubbs, C. L. & amp Hubbs, L. C. Látszólagos partenogenezis a természetben, hibrid eredetű halak formájában. Tudomány 76, 628–630 (1932).

Vrijenhoek, R. C., Dawley, R. M., Cole, C. J. & amp; Bogart, J. P. itt: Az egyivarú gerincesek evolúciója és ökológiája Vol. 466 (szerk. Dawley, R. M. és Bogart, J. P.) 19–23 (New York State Museum Bulletin, New York, 1989).

Neaves, W. B. & amp; Baumann, P. Unisexual reprodukció gerincesek körében. Trends Genet. 27, 81–88 (2011).

Avise, J. Klonalitás: A szexuális absztinencia genetikája, ökológiája és evolúciója gerinces állatokban (Oxford Univ. Press, Oxford, 2008).

Vrijenhoek, R. C. Egyivarú halak: modellrendszerek az ökológia és az evolúció tanulmányozásához. Annu. Rev. Ecol. Syst. 25, 71–96 (1994).

Csapatok, D. in Az uniszexuális gerincesek evolúciója és ökológiája Vol. 466 (szerk. Dawley, R. M. és Bogart, J. P.) 132–143 (New York State Museum Bulletin, New York, 1989).

Dawley, R. M. és Bogart, J. P. Az egyivarú gerincesek evolúciója és ökológiája Vol. 466 (New York State Museum Bulletin: New York, 1989).

Sinclair, E. A., Pramuk, J. B., Bezy, R. L., Crandall, K. A. & amp; Sites, J. W. Jr. DNS -bizonyítékok a partenogenezis nem hibrid eredetére a gerincesek természetes populációiban. Evolúció 64, 1346–1357 (2010).

Warren, W. C. et al. Klonális polimorfizmus és magas heterozigozitás az Amazonas molly cölibátus genomjában. Nat. Ecol. Evol. 2, 669–679 (2018).

Crews, D., Grassman, M. és Lindzey, J. A szaporodás viselkedési elősegítése ivaros és egyivarú ostorfarkú gyíkoknál. Proc. Natl Acad. Sci. USA 83, 9547–9550 (1986).

Fujita, M. K. & amp; Moritz, C. A parthenogenetikus genomok eredete és fejlődése gyíkokban: jelenlegi állapot és jövőbeli irányok. Cytogenet. Genome Res. 127, 261–272 (2009).

Schlupp, I. A gynogenezis evolúciós ökológiája. Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst. 36, 399–417 (2005).

Lampert, K. P. és Schartl, M. Az egyivarú hibrid eredete és fejlődése: Poecilia formosa. Phil. Trans. R. Soc. B 363, 2901–2909 (2008).

Stöck, M., Lampert, K. P., Möller, D., Schlupp, I. & amp; Schartl, M. Többféle klonális vonal monofiletikus eredete egy ivartalan halakbanPoecilia formosa). Mol. Ecol. 19, 5204–5215 (2010).

Moritz, C., Donnellan, S., Adams, M. & amp; Baverstock, P. R. A partenogenezis eredete és alakulása Heteronotia binoei (Gekkonidae): kiterjedt genotípusos sokféleség a parthenogének között. Evolúció 43, 994–1003 (1989).

Craig, S. F., Slobodkin, L. B., Wray, G. A. & amp; Biermann, C. H. A polembriónia „paradoxona”: az esetek áttekintése és fejlődésének hipotézise. Evol. Ecol. 11, 127–143 (1997).

Tatarenkov, A., Lima, S. M., Taylor, D. S. & Avise, J. C. Az önmegtermékenyítés hosszú távú megtartása halkládban. Proc. Natl Acad. Sci. USA 106, 14456–14459 (2009).

Abbott, J. K. & Morrow, E. H. Pillanatképek készítése a genetikai variációról hemiklonális analízis segítségével. Trends Ecol. Evol. 26, 359–368 (2011).

Bossdorf, O., Richards, C. L. és Pigliucci, M. Epigenetika ökológusoknak. Ecol. Lett. 11, 106–115 (2008).

Ekblom, R. & amp; Galindo, J. A következő generációs szekvenálás alkalmazása a nem-modell szervezetek molekuláris ökológiájában. Átöröklés 107, 1–15 (2011).

Matz, M. V. Fantasztikus vadállatok és azok sorrendjének meghatározása: ökológiai genomika homályos modellszervezetek számára. Trends Genet. 34, 121–132 (2018).

Kenkel, C. D. & Matz, M. V. A génexpressziós plaszticitás mint a korallok változó környezethez való alkalmazkodásának mechanizmusa. Nat. Ecol. Evol. 1, 0014 (2016).

Oleksiak, M. F., Churchill, G. A. és Crawford, D. L. A génexpresszió változása természetes populációkon belül és között. Nat. Közönséges petymeg. 32, 261–266 (2002).

Crowley, J. J. et al. Az allélspecifikus génexpresszió elemzése erősen eltérő egérkeresztezésekben az átható allél-egyensúlyhiányt azonosítja. Nat. Közönséges petymeg. 47, 353–360 (2015).

Brenowitz, E. A. & Zakon, H. H. Kitörés a szűk keresztmetszetből: a modern idegtudomány összehasonlító megközelítésének előnyei. Trends Neurosci. 38, 273–278 (2015).

Todd, E. V., Black, M. A. & amp; Gemmell, N. J. Az RNS-seq ereje és ígérete az ökológiában és az evolúcióban. Mol. Ecol. 25, 1224–1241 (2016).

Bird, A. DNS -metilezési minták és epigenetikai memória. Genes Dev. 16, 6–21 (2002).

Verhoeven, K. J. F. & amp; Preite, V. Epigenetikai variáció az ivartalanul szaporodó szervezetekben. Evolúció 68, 644–655 (2014).

Kalisz, S. és Purugganan, M. D. Epialleles DNS-metiláción keresztül: következmények a növény evolúciójára. Trends Ecol. Evol. 19, 309–314 (2004).

Oldach, M. J., Workentine, M., Matz, M. V., Fan, T. Y. & amp; Vize, P. D. Átirat dinamikája egy holdhónap alatt egy sugárzott ívó akroporid korallban. Mol. Ecol. 26, 2514–2526 (2017).

Bierbach, D., Laskowski, K. L. & amp; Wolf, M. A klonális halak viselkedési egyénisége a közel azonos tenyésztési feltételek ellenére is felmerül. Nat. Commun. 8, 15361 (2017).

Edenbrow, M. & Croft, D. P. Viselkedéstípusok és élettörténeti stratégiák az ontogeny során a mangrove ölőhalban. Kryptolebias marmoratus. Anim. Behav. 82, 731–741 (2011).

Schlosser, I. J., Doeringsfeld, M. R., Elder, J. F. & amp; Arzayus, L. F. Klonális és szexuális halak niche kapcsolatai heterogén tájon. Ökológia 79, 953–968 (1998).

Cole, C. J., Taylor, H. L. és Townsend, C. R. Morphological variation in a uniexual whiptail lizard (Aspidoscelis exsanguis) és annak egyik biivarú szülőfaja (Aspidoscelis inornata) (Reptilia: Squamata: Teiidae): a klonális fajok kevésbé változékonyak? Am. Mus. Novit. 3849, 1–20 (2016).

Dawley, R. M., Schultz, R. J. és Goddard, K. A. Klonális szaporodás és poliploidia az egyivarú hibridekben Phoxinus eos és Phoxinus neogaeus (Halak Cyprinidae). Copeia 1987, 275–283 (1987).

Massicotte, R., Whitelaw, E. és Angers, B. DNS-metiláció: véletlenszerű variáció forrása természetes populációkban. Epigenetika 6, 421–427 (2011).

Massicotte, R. & Angers, B. Általános célú genotípus, vagy hogyan bővíti ki az epigenetika egy genotípus rugalmasságát. Közönséges petymeg. Res. Int. 2012, 317175 (2012).

Leung, C., Breton, S. & amp; Angers, B. A környezeti kiszámíthatósággal való szembesülés az epigenetikai variációk különböző forrásaival. Ecol. Evol. 6, 5234–5245 (2016).

Schlupp, I., Parzefall, J. & amp; Schartl, M. Biogeography of the Amazon molly. Poecilia formosa. J. Biogeogr. 29, 1–6 (2002).

Bi, K. & amp; Bogart, J. P. Újra és újra: unisexual szalamandrák (nemzetség) Abystoma) a legrégebbi egyivarú gerincesek. BMC Evol. Biol. 10, 238 (2010).

Castonguay, E. & Angers, B. Az epigenetika kulcsszerepe az aszexuális vonalak fennmaradásában. Közönséges petymeg. Res. Int. 2012, 534289 (2012).

Vogt, G. A környezeti alkalmazkodás és evolúció elősegítése epigenetikus fenotípus -variációval: klonális, invazív, poliploid és háziasított állatok betekintése. Environ. Epigenet. 3, dvx002 (2017).

McNamara, J. M., Dall, S. R. X., Hammerstein, P. & amp; Leimar, O. Detection vs. selection: genetikai, epigenetikai és környezeti jelek integrálása ingadozó környezetben. Ecol. Lett. 19, 1267–1276 (2016).

Stamps, J. A. & amp; Frankenhuis, W. E. Bayes -féle fejlődési modellek. Trends Ecol. Evol. 31, 260–268 (2016).

Dall, S. R., McNamara, J. M. & Leimar, O. Gének mint jelzések: genetikai és epigenetikai információk fenotípusos integrációja darwini szemszögből. Trends Ecol. Evol. 30, 327–333 (2015).

Mackay, T. F. A mennyiségi jellemzők genetikai architektúrája. Annu. Rev. Genet. 35, 303–339 (2001).

Fisher, D. N., Brachmann, M. & amp; Burant, J. B. Komplex dinamika és a viselkedési egyéniség kialakulása. Anim. Behav. 138, e1–e6 (2018).

Frankenhuis, W. E. & amp; Panchanathan, K. Egyensúlyozó mintavétel és specializáció: az inkrementális fejlődés adaptációs modellje. Proc. R. Soc. B 278, 3558–3565 (2011).

Freund, J. et al. Egyéniség megjelenése genetikailag azonos egerekben. Tudomány 340, 756–759 (2013).

Vogt, G. et al. Különböző fenotípusok előállítása ugyanabból a genotípusból ugyanabban a környezetben fejlődési variációkkal. J. Exp. Biol. 211, 510–523 (2008).

Gärtner, K. A környezet és a genotípus mellett véletlenszerű változékonyságot okozó harmadik komponens. Mi az oka a laboratóriumi állatok szabványosítására irányuló 30 éves erőfeszítés korlátozott sikerének? Labor. Anim. 24, 71–77 (1990).

McNamara, J. M., Green, R. F. & amp; Olsson, O. Bayes tétele és alkalmazása az állatok viselkedésében. Oikosz 112, 243–251 (2006).

Trimmer, P. C. et al. Döntéshozatal bizonytalanságban: elfogultságok és bayesiak. Anim. Cogn. 14, 465–476 (2011).

Stein, L. R., Bukhari, S. A. & amp; Bell, A. M. A személyes és transzgenerációs jelek nem additívak fenotípusos és molekuláris szinten. Nat. Ecol. Evol. 2, 1306–1311 (2018).

Stamps, J. A., Biro, P. A., Mitchell, D. J. & amp; Saltz, J. B. Bayes -féle frissítés a fejlesztés során megjósolja a plaszticitás genotípusos különbségeit. Evolúció 72, 2167–2180 (2018).

Mousseau, T. A. és Fox, C. W. Az anyai hatások adaptív jelentősége. Trends Ecol. Evol. 13, 403–407 (1998).

Weaver, I. C. et al. Epigenetikus programozás anyai viselkedés alapján. Nat. Neurosci. 7, 847–854 (2004).

Dingemanse, N. J. & Wolf, M. Az adaptív személyiségbeli különbségek legújabb modelljei: áttekintés. Phil. Trans. R. Soc. B 365, 3947–3958 (2010).

Bolnick, D. I. és mtsai. Az egyének ökológiája: az egyéni specializáció előfordulása és következményei. Am. Nat. 161, 1–28 (2003).

Toscano, B. J., Gownaris, N. J., Heerhartz, S. M. & amp; Monaco, C. J. Személyiség, táplálkozási viselkedés és specializáció: a viselkedési és az élelmiszerhálózat integrálása egyéni szinten. Oecologia 182, 55–69 (2016).

Thornton, A. & Lukas, D. A kognitív teljesítmény egyéni változásai: fejlődési és evolúciós perspektívák. Phil. Trans. R. Soc. B 367, 2773–2783 (2012).

Dingemanse, N. J. et al. A viselkedési szindrómák megjósolhatóan különböznek a háromtüskés pálcika 12 populációjában. J. Anim. Ecol. 76, 1128–1138 (2007).

Bell, A. M. & amp; Sih, A. A ragadozásoknak való kitettség személyiséget generál a hárompontos botlásban (Gasterosteus aculeatus). Ecol. Lett. 10, 828–834 (2007).

Laskowski, K. L. & amp; Bell, A. M. A verseny elkerülése az egyéni különbségeket a változó élelmiszer -erőforrásokra adott válaszként befolyásolja. Ecol. Lett. 16, 746–753 (2013).

Laskowski, K. L. & amp; Pruitt, J. N. Bizonyítékok a társadalmi résépítésre: a tartós és ismétlődő társadalmi interakciók erősebb személyiségeket generálnak egy szociális pókban. Proc. R. Soc. B 281, 20133166 (2014).

Stamps, J. A. & amp; Krishnan, V. V. Az ősöktől származó információk és személyes tapasztalatok kombinálása a fejlődési pályák egyéni különbségeinek előrejelzéséhez. Am. Nat. 184, 647–657 (2014).

Dall, S. R. X., Houston, A. I. és McNamara, J. M. A személyiség viselkedési ökológiája: következetes egyéni különbségek adaptív szempontból. Ecol. Lett. 7, 734–739 (2004).

Biro, P. A. & amp; Stamps, J. A. Kapcsolódnak-e az állati személyiségjegyek az élettörténeti produktivitáshoz? Trends Ecol. Evol. 23, 361–368 (2008).

Wolf, M. & Weissing, F. J. Az adaptív személyiségbeli különbségek magyarázó kerete. Phil. Trans. R. Soc. B 365, 3959–3968 (2010).

Edenbrow, M. & Croft, D. P. A környezeti és genetikai hatások befolyásolják a mangrove vágóhal személyiségjegyeinek fejlődését Kryptolebias marmoratus. Oikosz 122, 667–681 (2012).

Bijleveld, A. I. et al. A személyiség hajtja a fiziológiai kiigazításokat, és nem kapcsolódik a túléléshez. Proc. R. Soc. B 281, 20133135 (2014).

Clark, C. W. Ragadozóellenes viselkedés és a vagyonvédelmi elv. Behav. Ecol. 5, 159–170 (1994).

Wolf, M., van Doorn, G. S., Leimar, O. és Weissing, F. J. Az élettörténeti kompromisszumok az állati személyiségek evolúcióját részesítik előnyben. Természet 447, 581–584 (2007).

Luttbeg, B. & amp; Sih, A. Kockázat, erőforrások és állapotfüggő adaptív viselkedési szindrómák. Phil. Trans. R. Soc. B 365, 3977–3990 (2010).

Mathot, K. J. & Dall, S. R. Az anyagcsere sebessége az éhezés kockázata mellett egyéni különbségeket idézhet elő az információ- és biztosításhasználatban. Am. Nat. 182, 611–620 (2013).

Kurvers, R. H. J. M., Krause, J., Croft, D. P., Wilson, A. D. M. & amp; Wolf, M. Az állatok közösségi hálóinak evolúciós és ökológiai következményei: feltörekvő kérdések. Trends Ecol. Evol. 29, 326–335 (2014).

Krause, J. & amp; Ruxton, G. D. Csoportokban élni (Oxford Univ. Press, Oxford, 2002).

Farine, D. R. & amp; Whitehead, H. Állati közösségi hálózatok elemzésének készítése, lebonyolítása és értelmezése. J. Anim. Ecol. 84, 1144–1163 (2015).

Wolf, M. & amp; Krause, J. Miért fontosak a személyiségbeli különbségek a társadalmi működés és a társadalmi struktúra szempontjából. Trends Ecol. Evol. 29, 306–308 (2014).

Laskowski, K. L., Wolf, M. & Bierbach, D. A győztesek (és vesztesek) készítése: hogyan határozzák meg a korai dominancia-interakciók a felnőttkori társadalmi struktúrát egy klonális halban. Proc. R. Soc. B 283, 20160183 (2016).

Firth, J. A. & amp; Sheldon, B. C. A madár társadalmi struktúrájának kísérleti manipulációja azt mutatja, hogy a szegregáció átvihető a kontextusokba. Proc. R. Soc. B 282, 20142350 (2015).

Liker, A. & Bókony, V. A nagyobb csoportok sikeresebbek a házi verebek innovatív problémamegoldásában. Proc. Natl Acad. Sci. USA 106, 7893–7898 (2009).

Aplin, L. M. et al. A kísérleti úton előidézett újítások tartós tenyésztéshez vezetnek a vadon élő madarak megfelelősége révén. Természet 518, 538–541 (2015).

Costa, G. C. & amp; Schlupp, I. Az amazóniai molly biogeográfiája: egy aszexuális hibrid faj ökológiai rése és határai. Glob. Ecol. Biogeogr. 19, 442–451 (2010).

Schultz, R. J. in Az élettörténetek evolúciója és genetikája 103–119 (Springer, New York, 1982).

Quattro, J. M., Avise, J. C. & amp; Vrijenhoek, R. C. Egy ősi klonális vonal a halak nemzetségében Poeciliopsis (Atheriniformes: Poeciliidae). Proc. Natl Acad. Sci. USA 89, 348–352 (1992).

Bohlen, J. & Ráb, P. Species and hybrid richness in spined loaches of the genus Cobitis (Teleostei: Cobitidae), az európai formák ellenőrzőlistájával és a megőrzési javaslatokkal. J. Fish Biol. 59, 75–89 (2001).

Janko, K. et al. Az európai tüskés csigák sokfélesége (nemzetség) Cobitis L.): a Cobitis taenia hibrid komplex a molekulák és a hibrid meghatározás új molekuláris eszközeinek leírásával. J. Fish Biol. 71, 387–408 (2007).

Choleva, L., Apostolou, A., Rab, P. & Janko, K. Maging it on their own: sperm-dependent hybrid fishes (Cobitis). Phil. Trans. R. Soc. B 363, 2911–2919 (2008).

Bogart, J. P., Bi, K., Fu, J., Noble, D. W. & amp; Niedzwiecki, J. Unisexual szalamandrák (nemzetség Abystoma) új szaporodási módot mutatnak be az eukarióták számára. Genom 50, 119–136 (2007).

Berger, L. in A kétéltűek szaporodásbiológiája 367–388 (Springer, New York, 1977).

Graf, J.-D. & amp Polls Pelaz, M. in Az egyivarú gerincesek evolúciója és ökológiája Vol. 466 (szerk.: Dawley, R. M. és Bogart, J. P.) 289–301 (New York State Museum Bulletin, New York, 1989).

Taylor, H. L., Cole, C. J., Dessauer, H. C. & amp. Parker, E. Jr. A partenogenetikus gyík genetikai és morfológiai változásának egybevágó mintái Aspidoscelis tesselata (Squamata: Teiidae), valamint a színminta -osztályok és a genotípusos klónok keletkezése Új -Mexikó keleti részén. Am. Mus. Novit. 3424, 1–40 (2003).

Dessauer, H. C. & amp; Cole, C. J. Az uniszexuális gerincesek evolúciója és ökológiája Vol. 466 (szerk. Dawley, R. M. & amp; Bogart, J. P.) 49–71 (New York State Museum Bulletin, New York, 1989).

Moritz, C. et al. A kaukázusi sziklagyíkok partenogenetikus fajai anyagi származása és hozzávetőleges kora (Lacerta: Lacertidae). Genetica 87, 53–62 (1992).

Uzzell, T. & amp; Darevsky, I. S. Biokémiai bizonyítékok a parthenogenetikus fajok hibrid eredetére Lacerta saxicola komplexum (Sauria: Lacertidae), néhány ökológiai és evolúciós következmény megvitatásával. Copeia 1975, 204–222 (1975).

Reeder, T. W., Cole, C. J. & amp; Dessauer, H. C. A nemzetség ostoros gyíkjának filogenetikai kapcsolatai Cnemidophorus (Squamata: Teiidae): a monofil teszt, a kariotípusos evolúció átértékelése és a hibrid eredet áttekintése. Am. Mus. Novit. 3365, 1–61 (2002).

Tucker, D. B. et al.Módszertani kongruencia filogenomiai analízisekben teiid gyíkok (Sauria: Teiidae) morfológiai alátámasztásával. Mol. Phylogenet. Evol. 103, 75–84 (2016).

Moritz, C. et al. ban ben Az uniszexuális gerincesek evolúciója és ökológiája Vol. 466. (szerk. Dawley, R. M. és Bogart, J. P.) 87–112 (New York State Museum Bulletin, New York, 1989).

Good, D. & Wright, J. Allozymes és a partenogenetikus gyík hibrid eredete Cnemidophorus exsanguis. Experientia 40, 1012–1014 (1984).

Lutes, A. A., Baumann, D. P., Neaves, W. B. & amp; Baumann, P. Egy függetlenül reprodukáló gerinces faj laboratóriumi szintézise. Proc. Natl Acad. Sci. USA 108, 9910–9915 (2011).

Scharnweber, K., Plath, M., Winemiller, K. O. & Tobler, M. Dietary niche overlap in sympatric aszexuális és szexuális élőbearing fishes Poecilia spp. J. Fish Biol. 79, 1760–1773 (2011).

Tobler, M. & Schlupp, I. Paraziták szexuális és ivartalan molliesben (Poecilia, Poeciliidae, Teleostei): a Vörös Királynő ügye? Biol. Lett. 1, 166–168 (2005).

Schlupp, I., Marler, C. & amp; Ryan, M. J. Előnyök a heterospecifikus nőstényekkel való párzás hím vitorlásszárnyú mollijának. Tudomány 263, 373–374 (1994).

Vrijenhoek, R. C. Állati klónok és sokféleség. Bioscience 48, 617–628 (1998).

Quattro, J. M., Avise, J. C. és Vrijenhoek, R. C. Molekuláris bizonyítékok hibridogenetikus halklónok (Poeciliidae:Poeciliopsis). Genetika 127, 391–398 (1991).

Vrijenhoek, R. in Népességbiológia és evolúció 217–231 (Springer, New York, 1984).

Gray, M. M. & Weeks, S. C. Niche szélessége a klónos és ivaros halakban (Poeciliopsis): a fagyasztott niche variációs modell tesztje. Tud. J. Hal. Aquat. Sci. 58, 1313–1318 (2001).

Semlitsch, R. D., Hotz, H. & amp; Guex, G. D. Verseny a hibridogenetikai együttélő hemiclonok ebihalai között Rana esculenta: a fagyasztott niche variációs modell támogatása. Evolúció 51, 1249–1261 (1997).


Nyomás alatt: Hogyan befolyásolhatja a vakcina által generált immunitás általi szelekció a vad típusú vírusok evolúcióját

A vírusok a csorda természetes immunitásának hatására fejlődnek ki, és magától értetődik, hogy a vakcina által kiváltott immunitás kellően magas szintje is befolyásolhatja a vírus evolúcióját (Boni 2008). A vad típusú vírusok evolúcióját az élő gyengített vakcinák alkalmazására válaszul számos állatgyógyászati ​​vírusban figyelték meg, beleértve a madár metapneumovírust (Catelli et al. 2010 Cecchinato et al. 2010) és a madárinfluenza vírust (Park et al. 2011 Lee et). al. 2004). Az ilyen, vakcina által vezérelt evolúciónak a vírus virulenciájára és a be nem oltott állatok átvitelére gyakorolt ​​hatásait még nem határozták meg. Mindazonáltal elméleti vizsgálatok felvetették azt az aggodalmat, hogy a „tökéletlen vakcinák”, amelyek nem indukálják a sterilizáló immunitást, hanem inkább modulálják a betegséget vagy az átvitelt, növelhetik a virulenciát az oltással megcélzott vad típusú vírusban (Gandon és mtsai, 2003 Mackinnon et. al. 2008 Gandon és Day 2007 Andre és Gandon 2006 Ganusov és Antia 2006 Massad et al. 2006). Érdekes módon Manuel és mtsai. (Manuel et al. 2010) nemrégiben arról számoltak be, hogy a tökéletlen oltás képes megakadályozzák majom-humán immundeficiencia vírus (SHIV) virulenciájává való visszaállás. Gyengítő mutációt hordozó SHIV -t hoztak létre, majd mind a naiv, mind a vakcinázott majmokat megfertőzték ezzel a vírussal. A legyengült SHIV visszatért a virulenciához a naiv majmok hátsó mutációja révén, de nem a vakcinázott majmokban. A kutatók ezt a hatást a vakcinázott majmok SHIV-replikációjának általános csökkenésének tulajdonítják, ami arra utal, hogy a tökéletlen vakcinák fékezhetik vad típusú társaik fejlődését.

Számos oltási program végső célja a specifikus vad típusú vírusok felszámolása. Ezt a célt a variola vírus, a himlő kórokozója esetében sikerült elérni, elérhető a poliovírus (Kew et al. 2005) és talán a kanyaró vírus (Castillo-Solorzano et al. 2011 Moss 2009), és továbbra is csábító célpont marad sok létező számára. és a jelölt vakcinázási programok. Noha kétségtelen, hogy a felszámolás nagy ugrást jelent a közegészségügy számára, el kell gondolkodni azon, hogy az irtással milyen üres rést hoz létre. A majomhimlők közelmúltbeli növekedését a himlő felszámolásának és az oltás megszüntetésének tulajdonítják (Rimoin et al. 2010). Ezenkívül a Coxsackie A vírus (Rieder et al. 2001) és a sylvatic dengue -vírus (Vasilakis et al. 2011) potenciálisan megjelenhet az üresen hagyott fülkék betöltésére, ha a gyermekbénulás és a humán dengue -vírus felszámolásra kerül. Evolúciós elemzésre lesz szükség annak előrejelzéséhez, hogy a felszámolás milyen hatással lesz a vírusok jövőbeli megjelenésére.


Publikációk

A sajtóban

McCune, K. McElreath, R. & amp; Logan, C. J. (sajtóban). Tanulási mechanizmusok használatának vizsgálata egy olyan fajban, amely gyorsan bővíti földrajzi elterjedését (a PCI Ecology elvileg elfogadta a verziót 2019. október 11-én). Társközösség az ökológiában, 100032.
Nyílt hozzáférésű letöltések

Ross, C. T., Winterhalder, B., és amp McElreath, R. (2021). A faji egyenlőtlenségek a fegyvertelen személyek elleni halálos erők rendőri alkalmazásában továbbra is fennállnak az erőszakos bűncselekmények arányára vonatkozó lövöldözési adatok megfelelő összehasonlítása után. Szociálpszichológiai és Személyiségtudomány, 12 (3), 323-332.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Wood, B. M., Harris, J. A., Raichlen, D. A., Pontzer, H., Sayre, K., Sancilio, A., Berbesque, C., Crittenden, A. N., Mabulla, A., McElreath, R. Cashdan, E., & amp; Jones, J. H. (2021). Nemek szerinti mozgásökológia és tájhasználat a Hadza vadászó-gyűjtögetőkben. A természet emberi viselkedése.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Deffner, D., Kleinow, V., és amp McElreath, R. (2020). Dinamikus szociális tanulás időben és térben változó környezetben. Royal Society Open Science, 7.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX végjegyzetletöltések

Deffner, D. és amp McElreath, R. (2020). Mikor kedvez a szelekció a régitől való tanulásnak? Társadalmi tanulás az életkor szerint strukturált populációkban. OSF előnyomatok.
DOI BibTeX Endnote Letöltések

Koster, J., Mcelreath, R., Hill, K., Yu, D., Shepard, G., Vliet, NV, Gurven, M., Kaplan, H., Trumble, B., Bird, RB, Bird, D., Codding, B., Coad, L., Pacheco-Cobos, L., Winterhalder, B., Lupo, K., Schmitt, D., Sillitoe, P., Franzen, M., Alvard, M., Venkataraman, V., Kraft, T., Endicott, K., Beckerman, S., Marks, SA, Headland, T., Pangau-Adam, M., Siren, A., Kramer, K., Greaves, R. , Reyes-García, V., Guèze, M., Duda, R., Fernández-Llamazares, Á., Gallois, S., Napitupulu, L., Ellen, R., Ziker, J., Nielsen, MR, Ready , E., Healey, C. és Ross, C. (2020). Az emberi táplálékkeresés élettörténete: Kultúrák közötti és egyéni változatosság. Science Advances, 6 (26): eaax9070.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX végjegyzetletöltések

Minocher, R., Atmaca, S., Bavero, C., McElreath, R., & amp; Beheim, B. A. (2020). A társadalmi tanulási kutatások reprodukálhatósága exponenciálisan csökken a publikáció 63 éve alatt. PsyArXiv.
DOI BibTeX Endnote Letöltések

Broesch, T., Crittenden, A. N., Beheim, B. A., Blackwell, A. D., Bunce, J. A., Colleran, H., Hagel, K., Kline, M., McElreath, R. Nelson, RG, Pisor, AC, Prall, S., Pretelli, I., Purzycki, B., Quinn, EA, Ross, C., Scelza, B., Starkweather, KE, Stieglitz, J., & amp; Borgerhoff Mulder, M. (2020). Kultúrák közötti kutatás navigációja: Módszertani és etikai megfontolások. Proceedings of the Royal Society B, 287: 20201245.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Deffner, D., & amp; McElreath, R. (2020). Az élettörténet és a népességszabályozás jelentősége a társadalmi tanulás alakulásában. Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B sorozat: Biological Sciences, 375 (1803).
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Scelza, B. A., Prall, S. P., Swinford, N., Gopalan, S., Atkinson, E. G., McElreath, R. Sheehama, J., & amp; Henn, B. M. (2020). A páron kívüli apaság magas aránya az emberi populációban az emberi reprodukciós stratégiák sokféleségét mutatja. Science Advances, 6 (8): eaay6195.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Trimmer, P. C., Barrett, B. J., McElreath, R., & amp; Sih, A. (2019). Gyors környezeti változások a játékokban: komplikációk és intuitív eredmények. Scientific Reports, 9: 7373.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX végjegyzetletöltések

Chmura, H. E., Krause, J. S., Perez, J. H., Asmus, A., Sweet, S. K., Hunt, K. E., Meddle, S. L., McElreath, R., Boelman, N. T., Gough, L. és Wingfield, J. C. (2018). A késői szezon havazása két, vándorló, sarkvidéken tenyésző énekesmadár-fajban az utódok túlélésének csökkenésével jár. Journal of Avian Biology, 49 (9): e01712.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Ross, C., Borgerhoff Mulder, M., Oh, S.-Y., Bowles, S., Beheim, BA, Bunce, JA, Caudell, M., Clark, G., Colleran, H., Cortez, C ., Draper, P., Greaves, RD, Gurven, M., Headland, T., Headland, J., Hill, K., Hewlett, B., Kaplan, HS, Koster, J., Kramer, K., Marlowe, F., McElreath, R. Nolin, D., Quinlan, M., Quinlan, R., Revilla-Minaya, C., Scelza, B., Schacht, R., Shenk, M., Uehara, R., Voland, E., Willführ, K ., Winterhalder, B. és Ziker, J. (2018). Nagyobb vagyoni egyenlőtlenség, kevesebb poligénia: A poligén küszöbmodell újragondolása. Journal of the Royal Society Interface, 15 (144): 20180035.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Smaldino, P. E., Flamson, T. J. és amp McElreath, R. (2018). A rejtett jelzés fejlődése. Tudományos jelentések, 8: 4905.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Ross, C. T., Winterhalder, B. és amp McElreath, R. (2018). A látszólagos paradoxonok feloldása a rendőrség által alkalmazott erőszakos gyakoriság gyakoriságában. Palgrave Communications, 4 (1): 61. Letöltve: 10.1057/s41599-018-0110-z.
Nyissa meg a BibTeX Endnote letöltéseit

Bunce, J. A. és amp McElreath, R. (2017). Interetnikus interakció, stratégiai alkuerő és a kulturális normák dinamikája: terepvizsgálat egy amazóniai populáción. Emberi természet, 28 (4), 434-456.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Koster, J. és amp McElreath, R. (2017). A viselkedés multinomiális elemzése: Statisztikai módszerek. Viselkedési ökológia és szociobiológia, 71 (9): 138.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Barrett, B. J., McElreath, R., & Perry, S. E. (2017). A kifizetődő elfogult társadalmi tanulás az új, kizsákmányoló táplálékkeresési hagyományok elterjedésének hátterében áll egy vadon élő főemlősben. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 284 (1856): 20170358.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX végjegyzetletöltések

Smaldino, P. E. és amp McElreath, R. (2016). A rossz tudomány természetes kiválasztása. Royal Society Open Science, 3 (9): 160384.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Bauch, C. T. és amp McElreath, R. (2016). A betegség dinamikája és a költséges büntetés elősegítheti a társadalmilag előírt monogámia kialakulását. Nature Communications, 7: 11219.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

Durand, J., Fleenor, W., McElreath, R. Santos, M. J. és Moyle, P. (2016). A Sacramento – San Joaquin -delta víz alatti gyomnövények elterjedésének fizikai ellenőrzése és az élőhelyek helyreállítására gyakorolt ​​hatások. San Francisco torkolati és vízgyűjtő tudomány, 14 (1): 4.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX Endnote letöltések

McElreath, R. (2016). Statisztikai újragondolás: Bayes -tanfolyam R és Stan példákkal. Boca Raton: CRC Press.
BibTeX Endnote Letöltések

McElreath, R. & Smaldino, P. E. (2015). Replikáció, kommunikáció és a tudományos felfedezések populációdinamikája. PLoS One, 10 (8): e0136088.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX végjegyzetletöltések

Arsnoe, I. M., Hickling, G. J., Ginsberg, H. S., McElreath, R., & amp; Tsao, J. I. (2015). A feketelábú kullancsnimfák különböző populációi eltérő keresési viselkedést mutatnak, ami hatással van az emberi Lyme-kór kockázatára. PLoS One, 10 (5): e0127450.
Nyílt hozzáférésű DOI BibTeX végjegyzetletöltések


Nézd meg a videót: Érettségi 2018 - Biológia: Az evolúció mozgatórugói 2. (Január 2022).